עונת 1998/1999 בליגה הלאומית הייתה העונה ה-43 והאחרונה של הליגה הלאומית כליגת הכדורגל הבכירה בישראל לפני שינוי שמה ל"ליגת העל".
על ניצחון במשחק הוענקו שלוש נקודות ונקודה בודדת הוענקה על תיקו. הליגה כללה 16 קבוצות ששיחקו ביניהן במשך 2 סיבובים בני 15 משחקים כל אחד - 30 מחזורים בסך הכל. העולות החדשות שהצטרפו לליגה הבכירה לקראת עונה זו היו מכבי יפו והפועל צפרירים חולון. העונה החלה ב-22 באוגוסט 1998 והסתיימה ב-29 במאי 1999 עם זכייתה של הפועל חיפה באליפות, בפעם הראשונה בתולדות הקבוצה. קשרה הקרואטי של הקבוצה, ג'ובאני רוסו, זכה בתואר כדורגלן העונה בישראל, בפעם הראשונה שתואר זה ניתן לשחקן זר. המבקיע המצטיין של העונה היה אנדז'יי קוביקה הפולני ממכבי תל אביב עם 21 שערים. הייתה זו גם הפעם הראשונה ששחקן זר היה מלך השערים של הליגה הבכירה בישראל. לרגל הזכייה של חיפה באליפות נכתב השיר "אדום עולה עולה".
לקראת השינוי במערך הליגות, שבמסגרתו שונה שמה של הליגה העליונה ל"ליגת העל", של ליגת המשנה ל"ליגה הלאומית" ושל הליגה השלישית ל"ליגה הארצית", ובמטרה להקטין את הליגה הבכירה בשלב ראשון לליגה בת 14 קבוצות ובהמשך לליגה בת 12 קבוצות לשם הגדלת התחרותיות, בסיום העונה נשרו לליגת המשנה הפועל צפרירים חולון הפועל בית שאן ומכבי יפו ורק קבוצה אחת עלתה לליגה הבכירה, מכבי נתניה. רעיון נוסף שעלה אך גווע במהירות היה להקים את "ליגת השש" שבה יתחרו במשך ארבעה סיבובים 6 הקבוצות הבכירות בכדורגל הישראלי באותן שנים: מכבי והפועל תל אביב, מכבי והפועל חיפה, בית"ר ירושלים והפועל פתח תקווה.
לאחר שהתאושש הכדורגל הישראלי מפרשת "משחק השרוכים" מהעונה שעברה, על עונה זו העיבה פרשת האפדרין שהתגלתה לאחר משחק האליפות בין הפועל חיפה למכבי תל אביב ובמסגרתה נתפס הכדורגלן כפיר אדרי משתמש בסם אימרוץ.
טבלת הליגה
- ^ הקבוצה זכתה בגביע מדינה
קישורים חיצוניים
עונת 1998/1999 בליגה הלאומית באתר rsssf.com