עונת 1998/1999 בליגה הארצית הייתה העונה ה-23 של הליגה הארצית כליגה השנייה בחשיבותה בכדורגל בישראל. בסיום העונה, בעקבות הקמת ליגת העל בכדורגל הליגה הארצית הפכה להיות השלישית בחשיבותה. הליגה החלה ב-5 בספטמבר 1998 והסתיימה ב-21 במאי 1999.
על ניצחון במשחק הוענקו שלוש נקודות ונקודה בודדת הוענקה על תיקו.
הליגה כללה 16 קבוצות. העונה הסתיימה בניצחון של מכבי נתניה שעלתה לעונת 1999/2000 לליגת העל.
בעקבות הפחתת הקבוצות שישחקו בליגה השנייה מספר רב של הקבוצות ירדו לליגה השלישית. יתרה מכך, הפועל אשדוד, הפועל לוד וסקציה נס ציונה הורדו לליגה הרביעית בגלל בעיות תקציביות. גם מכבי יפו שהייתה צריכה לרדת מהליגה הראשונה לליגה השנייה, הורדה לליגה הרביעית בגלל בעיות תקציביות. הדבר איפשר לבני סכנין להישאר בליגה השנייה גם לעונת 1999/2000.
לאסלו צה (הונגריה) ממכבי נתניה היה מלך השערים של העונה עם 19 כיבושים.
טבלת הליגה
- ^ תוך הורדת שתי נקודות
- ^ סיימה במקום המוביל לליגה השלישית אבל נשארה בליגה השנייה בגלל בעיות תקציביות של מכבי יפו מהליגה הבכירה שהייתה אמורה לרדת לליגת המשנה
- ^ 1 2 ירדו לליגה הרביעית בגלל בעיות תקציביות
- ^ תוך הורדת ארבע נקודות
קישורים חיצוניים