עונת 1996/1997 בליגה הלאומית הייתה העונה ה-41 של הליגה הלאומית כליגת הכדורגל הבכירה בישראל.
על ניצחון במשחק הוענקו שלוש נקודות ונקודה בודדת הוענקה על תיקו. הליגה כללה 16 קבוצות ששיחקו ביניהן במשך 2 סיבובים בני 15 משחקים כל אחד - 30 מחזורים בסה"כ. הקבוצות שעלו לליגה הלאומית לעונת 1996/1997 היו הפועל ירושלים והפועל טייבה. העונה החלה ב-24 באוגוסט1996 והסתיימה ב-24 במאי1997. בתום העונה סיימה בית"ר ירושלים במקום הראשון וזכתה באליפות השלישית בתולדותיה. מלך השערים של העונה היה מוטי קקון מהפועל פתח תקווה שכבש 20 שערים.