עונת 1964 בגביע ליברטדורס הייתה העונה החמישית של התחרות הדרום-אמריקאית לקבוצות כדורגל והיא אורגנה על ידי CONMEBOL. המשחק הראשון התקיים ב-3 באפריל1964 ותחרות הסתיימה ב-12 בספטמבר1964. בתחרות השתתפו 11 קבוצות, לראשונה כל חברי הארגון השתתפו בתחרות.
התחרות הסתיימה בניצחון של אינדפנדיינטה בפעם הראשונה בתולדות המועדון.
מתכונת התחרות
בתחרות השתתפו 11 קבוצות. מנצחת של העונה הקודמת קיבלה זכות להשתתף בתחרות ישירות משלב חצי הגמר. הקבוצות חולקו ל-3 בתים ומנצחת כל בית הייתה עולה למשחקי חצי הגמר. במידה ומספר קבוצות בבית זכו באותו מספר נקודות ההכרעה הייתה על ידי משחק נוסף.
בכל השלבים נערכו משחק בית ומשחק חוץ. על הניצחון הוענקו שתי נקודות.