ילד קטן מגיע לחנות עתיקות. בעל החנות המסתורי, מר ליו, מספר לו על אגדת הנינג'גו.
נינג'גו היא עיר ביקום הלגו אשר הותקפה על ידי לורד גארמאדון המרושע, אביו של לויד ובעלה של קוקו (קיצור של מיסאקו). כל העיר בזה ללויד בשל היותו בנו של גארמאדון, מה שהביא את לויד למצב של מתח נפשי. הם לא ידעו שלויד הוא חלק מחבורת נינג'ה סודית הכוללת את ניה, זאין, ג'יי, קול, קאי והמאסטר שלהם מאסטר וו אשר מנסים לעצור את גארמאדון מלהרוס את העיר. ביום הולדתו של לויד, גארמאדון תוקף את העיר שוב . הוא מתחמק באמצעות צבא כרישים. לאחר מכן הוא מתכנן מתקפה גדולה על מנת לכבוש את נינג'גו, והחליט לבנות מכונה ענקית על מנת להיות חסין מהנינג׳ות .
יום למחרת גארמאדון תוקף את העיר עם המכונה הענקית ומביס את לויד. כאשר גארמאדון מביע שהוא שולט בנינג'גו, לויד חוזר עם הנשק האולטימטיבי האגדי. הוא יורה עם הנשק, הנשק הוא לייזר אשר מביא חתולה אמיתית בשם מיאות'רה. מיאות'רה משמידה את העיר כאשר גארמאדון מנסה לקבל את הלייזר. גארמאדון מכוון את הלייזר לחתולה על מנת להשמיד את כל המכונות, לפני שלויד שובר אותה. כאשר גארמאדון חוגג את ניצחונו, לויד חושף שהוא הנינג'ה הירוק, ומספר לגארמאדון שהלוואי והוא לא היה אביו, דבר שהשאיר את גארמאדון מבולבל.
לויד פוגש את חבריו ואת מאסטר וו, אשר כעסו עליו על האופן שבו השתמש בנשק. וו סיפר להם שהם חייבים להשתמש בנשק האולטימטיבי האגדי כדי לעצור את מיאות'רה מלהרוס את העיר, אשר הם נאלצים לעבור את יער הסכנות, קניון המוות ומקדש השברים. גארמאדון שמע את הדיבורים של וו על כלי הנשק ועוקב אחריהם. הוא פוגש את וו ונלחם בו, אולם וו הפסיד בקרב וסיפר ללויד שהוא חייב למצוא את החלק השקט שבו לפני שימחק.
הנינג'ות החליטו להמשיך הלאה, כאשר גארמאדון מנהיג אותם למרות אכזבתו של לויד. הם נתפסים על ידי צבא כרישים אשר מחפשים נקמה. הנינג'ות ניסו להילחם בהם אך ללא הצלחה. הם עזבו והשאירו את לויד וגארמאדון מאחור. הכרישים העיפו את לויד וגארמאדון אל הר הגעש. אולם שאר הנינג'ות הצילו את המצב כאשר השתמשו בהתנגבות. כולם עבדו ביחד עם גארמאדון כדי להתחמק מצבא הכרישים כאשר הם בנו מסוק, ולויד וגארמאדון עבדו ביחד גם כן.
לפתע הם התנגשו ונפלו למטה במקדש השברים. גארמאדון סיפר שזה היה ביתו, ושקוקו הייתה פעם לוחמת נינג'ה בעצמה. נודע גם שמשאלתו של לויד הייתה להישאר יחד איתו ועם אמו אחרי שאביו החליט לכבוש את הנינג'גו, אולם הוא לא יכול היה לשנות את העבר אז הוא נשאר מאחור. הנינג'ות מצאו את הנשק האולטימטיבי האגדי אשר מתוארים כתכשיטים רבי עוצמה המייצגים אלמנטים כגון מים/אדמה/אש/ברק/קרח/ירוק שנגנבו על ידי גארמאדון אשר עדיין רוצה לשלוט בעיר. הוא רוצה שלויד יהיה המנהיג אולם לויד התנגד להצעה. מתוך זעם, כלא גארמאדון את כולם בתוך המקדש והחל בתוכנית שלו. לויד הבין שהחלק השקט אומר להוציא את הכוח שלהם והם הצליחו לעשות זאת, ויצאו מהמקדש. כאשר הם נפלו מהצוק, וו הציל אותם עם הספינה שלו, ויחד הם הולכים להציל את נינג'גו.
גארמאדון מגיע ומנסה לשלוט במיאות'רה עם כלי הנשק שלו, אולם מיאות'רה טרפה את גארמאדון במקום. לויד והחבורה הגיעו ונלחמו בצבא של גארמאדון. כאשר לויד התקרב למיאות'רה, הוא סיפר לכולם שהוא הנינג'ה הירוק, וסיפר גם שירוק משמעותו חיים, אשר הביא את כולם יחד. הוא ניחם את מיאות'רה ואמר לגארמאדון שהוא סולח לו והוא מצטער. גארמאדון בכה בדמעות לבה, דבר אשר גרם למיאות'רה לפלוט אותו. אחרי שהשלימו גארמאדון עבר לגור אצל לויד וקוקו, מיאות'רה הפכה לסמל של נינג׳גו ולויד הוכתר לגיבור.
כאשר הסיפור מסתיים, מר ליו סיפר לילד שהוא יתחיל לאמן אותו כנינג'ה.
מדבבים ודמויות
דייב פרנקו / עומר שטיינברג - לויד גארמאדון, הנינג'ה הירוק, המנהיג של קבוצת הנינג'ה הסודית, בנם של לורד גארמאדון וקוקו ואחיינו של מאסטר וו.
ג'קי צ'אן / עמי מנדלמן - מאסטר וו, המאסטר הזקן של חבורת הנינג'ה, אחיו של לורד גארמאדון ודודו של לויד, צ'אן גילם גם בעל חנות עתיקות בגרסת הלייב-אקשן כאשר הוא מספר לילד קטן על עולם הנינג'גו.
ג'סטין ת'רו / צביקה פורמן - לורד גארמאדון, הנינג'ה האפל, המכשף הרשע, אקס של קוקו ואביו של לויד.
אוליביה מאן / אורנה כץ - מיסאקו "קוקו", אקסית של לורד גארמאדון ואמו של לויד, ידועה גם בתור "גברת דרקון הברזל".
