היישוב נקרא על שמה של עיר מקראית בשם סנסנה, המוזכרת בפסוק: ”וְצִקְלַג וּמַדְמַנָּה וְסַנְסַנָּה”[3] כחלק מנחלת שבט יהודה, ושרידיה נמצאים כ-2 ק"מ מהיישוב. על פי ההשערות, נקראת העיר הקדומה על שם כיפת עץ התמר כפי שנכתב במגילת שיר השירים: ”אָמַרְתִּי אֶעֱלֶה בְתָמָר אֹחֲזָה בְּסַנְסִנָּיו”[4].
בשנת 2001 נסלל כביש הגישה ליישוב, בשנת 2005 התחילה בניית הקבע בשנת 2007 הוקמה "טיילת האחים".
בשנת 2007 דנה הוועדה המחוזית של מחוז דרום בתוכנית מתאר של היישוב, אולם החליטה שלא ניתן לאשרה מכיוון שהיישוב לא נמצא בתחום אחריותה והעביר את הטיפול למועצת התכנון העליונה במנהל האזרחי. בתחילת 2012 החליטה המועצה לדחות את התוכנית מכיוון שהוגשה כהרחבה של אשכולות, אשר היו לה, לדעתה, די והותר עתודות תכנוניות. בעקבות זאת, ב-23 באפריל2012 החליט צוות שרים בראשותו של ראש הממשלה, בנימין נתניהו, לפעול להסדרת המעמד של סנסנה כיישוב עצמאי[6]. ביולי 2014 אושרה תוכנית מתאר ליישוב ועתירה לבג"ץ נגד האישור נדחתה[7].