ב-1966 נבחר לסנאט של מרילנד, וב-1975 נבחר לנשיא הסנאט, והיה בכך לצעיר ביותר הממלא תפקיד זה. הוא כיהן בסנאט עד 1979. שימש חבר המועצה להשכלה גבוהה של מדינת מרילנד עד 1981. במאי אותה שנה נבחר בבחירות מיוחדות שנערכו בעקבות מחלתה של גלדיס ספלמן, לנציג המחוז החמישי של מרילנד בבית הנבחרים של ארצות הברית, ומאז ניצח בכל אחת מ-21 מערכות הבחירות הבאות לתפקיד.
לאורך השנים מילא תפקידים בכירים בהנהגת המפלגה הדמוקרטית. ב-2003 נבחר למצליף הסיעה, וב-2007 למנהיג סיעת הרוב בבית הנבחרים. לאחר מפלת המפלגה הדמוקרטית בבחירות לבית הנבחרים ב-2010, איבדה ננסי פלוסי את תפקידה כיושבת ראש בית הנבחרים ומונתה למנהיגת סיעת המיעוט, ואילו הוייר נבחר למצליף הסיעה. בעקבות בחירות 2018 בהן זכתה המפלגה הדמוקרטית לרוב בבית הנבחרים, נבחר הוייר שוב למנהיג סיעת הרוב. לאחר הפסד המפלגה הדמוקרטית בבחירות 2022 הודיע הוייר כי לא ייטול תפקיד בהנהגה בקונגרס ה-118.
