פנדרובסקי החל את הקריירה הממשלתית שלו כעוזר השר ליחסי ציבור במשרד הפנים וכראש מחלקת אנליטיקה ומחקר במשרד בין השנים 1998–2001. הוא היה היועץ לביטחון לאומי והיועץ למדיניות החוץ הראשי של הנשיא בוריס טרג'קובסקי משנת 2001, ועד מותו של טרקובסקי בשנת 2004. לאחר שהוביל את ועדת בחירות המדינה בשנים 2004–2005 המשיך לשמש כיועץ לביטחון לאומי ויועץ מדיני חוץ ראשי לנשיא הבא, ברנקו צרבנקובסקי, משנת 2005 ועד לשנת 2009.[6]