ניניס התחיל את הקריירה שלו בגיל 10 באקדמיה של ג'יאניס פאטיאקאקיס, אחרי שנה אחת עזב לאפולון סמירני וממנה עבר לאקדמיה של פנאתינאיקוס. ב-7 בינואר2007 ניניס ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת במשחק הליגה נגד אגאלו. בזכות היכולת הטובה שגילה, נבחר לשחקן המחזור בליגה. ניניס הוא השחקן הצעיר השני בהיסטוריה של המועדון שרשם בה דקות משחק. ב-15 בפברואר 2007 ניניס רשם את הופעת הבכורה שלו במסגרת אירופית במסגרת גביע אופ"א נגד לאנס, ובכך הפך לשחקן הצעיר אי פעם ששיחק עם קבוצה יוונית במסגרת אירופית. ב-18 בפברואר ניניס היה מהמצטיינים בניצחון פנאתינאיקוס 1-4 נגד א.א.ק. אתונה כאשר הבקיע שער אחד ובישל שניים נוספים.
בעונת 2007/2008 ניניס נפצע מספר פעמים ולא הצליח לבסס את מעמדו בהרכב הקבוצה. למרות זאת, בדצמבר 2007 ניניס נבחר לשחקן הצעיר של השנה ביוון והוא השחקן הצעיר בהיסטוריה שזוכה בתואר זה.
בעונת 2008/2009 ניניס חזר להרכב פנאתינאיקוס. ניניס ענד את ספרט הקפטן בגיל 18 ו-125 ימים ובכך הפך לקפטן הצעיר בתולדות הקבוצה. ב-23 בספטמבר2008 האריך את חוזהו ב-4 שנים נוספות עם סעיף שחרור של 17 מיליון אירו.
בעונת 2009/2010 זכה עם פנאתינאיקוס בדאבל 7 שנים אחרי האליפות הראשונה האחרונה ושש שנים אחרי הגביע האחרון.
ניניס, שנולד באלבניה דחה הצעה לייצג אותה כבר בגיל צעיר כיוון ששאף לשחק עבור יוון.
ב-19 במאי2008 ניניס ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת יוון בניצחון 0-2 נגד קפריסין ואף כבש את שער הבכורה שלו בנבחרת במשחק זה. ניניס כבש את שער הבכורה שלו בנבחרת כאשר הוא בן 18 שנים ו-46 ימים ובכך הפך הכובש הצעיר בתולדות הנבחרת.