ונייר נולד בוונציה בשנת 1496 למויזה ונייר ורעייתו אלנה דונה, והיה אחיינו של צואן פרנצ'סקו פנייר, שליט קוריגו.
בצעירותו עבד ונייר כעורך דין. לימים, למנהלן הכללי של ממשלת לה סרניסימה, ובשנת 1570 מונה לתפקיד פרוקוראטור ובדצמבר באותה שנה מונה לתפקיד מפקד הצי (capitano generale da mar) ועמד בראש הצי במהלך המלחמה בין ונציה לבין האימפריה העות'מאנית בין השנים 1570–1573. ונייר היה אחד ממפקדי הצי הנוצרי בקרב לפאנטו, ב-7 באוקטובר1571. לאחר שהושג הסכם השלום שב ונייר לוונציה, בה זכה לפופולריות רבה בשל ניצחונו, ובשנת 1577, בהיותו בן 81, נבחר ונייר לתפקיד הדוג'ה. בבחירות שנערכו, בשל פופולריותו, זכה ונייר בכל קולות הוועדה הבוחרת.
ונייר נשא לאישה את צ'צ'יליה קונטאריני, ונולדה להם בת אחת - אלנה ונייר, ושני בנים.
סבסטיאנו ונייר נפטר בשנת 1578. על פי המסורת הוונציאנית, ונייר נפטר משברון לב לאחר שראה את נזקי השריפה שפרצה בארמון הדוג'ה בשנת 1578.