תחילת הנחל בהר גריזים. הנחל עובר מצפון לתל ולסרה. מסרה ממשיך הנחל בכיוון צפון-מערב. כביש 55 חוצה את הנחל בנקודה זו, ובמרחק קצר לאחריו מצפון לקדומים חוצה את הנחל כביש 60 (קטע עוקף שכם דרום). לאחר מכן ממשיך מערבה בתוואי מפותל מדרום לבית ליד וספארין. כביש 557 חוצה את הנחל ממזרח למעבר תאנים. לאחר מכן עובר הנחל בין אירתאח לפרעון. הנחל חוצה את גדר ההפרדה ממערב לפרעון, בסמוך למסוף המשמש למעבר פועלים וסחורות לטול כרם, תלבין מושב ניצני עוז ושער אפרים. בנקודה זו נמצאים גם שרידי גשר רכבת עתיק של המסילה המזרחית, וגשר של כביש 6 מעל הנחל. נחל תאנים נשפך לנחל אלכסנדר ממזרח לבורגתה.
באזור הסמוך לניצני עוז מתוכננת הקמת טיילת לאורך הנחל.
כביש עוקף טול כרם (כביש 557) מטפס מאזור מעבר תאנים להתנחלות ענב (ישוב), תוך התבססות על תוואי של כמה מיובלי נחל תאנים.
נחל תאנים ונחל שכם הם יובליו העיקריים של נחל אלכסנדר. באגן הניקוז של הנחל, המשתרע על שטח של כ-600 קמ"ר, נקווים מי גשמים בכמות של כ-350 מיליון ממ"ק (בממוצע רב-שנתי). זרימה זו גרמה ליצירת ביצותעמק חפר, עד לניקוז הביצות באזור בתחילת המאה ה-20.
