מוצא הנחל ממוקם בגובה של כ־300 מטרים מעל פני הים כ־1.3 קילומטרים מזרחית לגבול ישראל–מצרים, כקילומטר וחצי דרומית להר רחבעם וכשלושה קילומטרים מדרום־מערב לשכונת שחמון באילת.
בתחילה זורם הנחל לכיוון דרום־מזרח אך לאחר מכן, כ־900 מטרים מצפון־מערב להר צפחות, משנה את כיוונו לצפון־מזרח. כ־200 מטרים מערבית לחוות הגמלים אילת, נשפך נחל צפחות לנחל שלמה.
