הנחל מתאפיין בפיתולים שתוחמים אותם מצוקים גבוהים של תצורת חוואר הלשון.
שמו הערבי הקודם של הנחל הוא ואדי קוצייב[3]. הוועדה לשמות עבריים בנגב, שהקים בן-גוריון לאחר "מבצע עובדה", העניקה לו במאי 1950 את שמו של אמציה מלך יהודה – שלפי ההשערה עבר כאן מסעו הצבאי לכיבוש ארץ אדום. בזכות אמציהו הוענקו לנחלים הסמוכים, והמתנקזים אליו, שמות בני משפחתו – נחל יואש, על שם אביו (שזכה בעוד נחל יואש, גם בהרי אילת), נחל יכליה, על שם אשתו, ונחל ירושא, על שם כלתו – אשת בנו עוזיהו[4].
נחל אמציה מנקז שטח גדול בצפון הערבה שממערב למושב עידן עד בואכה כיכר סדום ודרום ים המלח, כאשר הוא נשפך כאמור לתוך אגן הניקוז של נחל צין במלחת סדום. הוא מותווה לאורך קו העתק הבנוי מסלעי חוואר הלשון הנמשך ממערב לנאות הכיכר ועד למרגלות הרי אדום הצפוניים. מתלול זה מתרומם כ־30 מטר מעל ערבת סדום (ראו צילום), כיוונו צפון מזרח והוא ידוע גם בכינוי "מדרגת ההעתק של נאות הכיכר". לאורך אפיקו נמשכת דרך עפר עבירה לרכב 4X2 גבוה. נחל אמציהו מתחתר לכל אורכו במשקע האגמי של סדרת הלשון, ויוצר קניון עמוק בין קירות לבנים זקופים. בקירותיו נראה חתך גאולוגי של הסלעים המרכיבים את סדרת הלשון: שכבות אופקיות דקות של חרסית, ארגוניט, גבס וקונגלומרט נחלים. שכבות אלה נקראות בשפה הגאולגית למינות בעקבות הזרימה הלמינרית בנחלים שהשקיעה אותם.
לפני הכניסה לנחל ישנו פארק אמציהו פארק אמציהו שפתוח לקהל הרחב בכל ימות השבוע והכניסה היא בחינם, הפארק כולל בתוכו פינות ישיבה שירותים מוזיאון פתוח על תולדות התמר בארץ ישראל, ובסוף השבוע ימים חמישי שישי ושבת פתוחה גם שכשוכית שהיא תעלת מים נמוכה שניתן להתרענן בתוכה.
לאורך הנחל, בעיקר בחלקו העליון, צומחים עצי שיזף גדולים, ולעיתים גם עצי שיטה סלילנית ושיחי אשלים המעידים על מי תהום עליונים. לאורך חלקו הדרומי של ערוץ נחל אמציהו גדלים שיחי רותם ועצי שיטה היוצרים יחדיו נוףסוואנה מדברי. הצל שמטילים ענפי השיטה מגן על היצורים החיים המתקיימים בסביבתה מפני קרינת השמש החזקה. העץ מהווה מחסה ומזון עבור בעלי חיים מדבריים כגון צבאים, ציפורים, לטאות ומכרסמים ומכאן חשיבותו האקולוגית הגבוהה.
בנובמבר 1948, במסגרת "מבצע לוט", לאחר שהשתלט על תחנת המשטרה בעין אל חוצוב (עין חצבה) עבר בנחל אמציהו כוח של צה"ל בדרכו לסדום שהייתה נצורה באותה עת ושחרר אותה. במרץ1949 ירד כח של חטיבת גולני ממעלה עקרבים ועבר לא רחוק מהנחל בדרכו לכיבוש אילת, תוך חניית לילה במחנה הבריטי הנטוש בעין חצבה[1].
