נבז'יס נוסדה ב-1992, ונקראה על שם נהרנבז'יס, הזורם בעיר קדאיניאי. הקבוצה החלה את דרכה ב-LKBL, הליגה השלישית בליטא, ב-1996, וב-1998 עלתה לליגת המשנה. ב-2002 זכתה באליפות ועלתה לליגת העל הליטאית בכדורסל. בין 2004 ו-2009 העפילה הקבוצה לפלייאוף שש עונות ברציפות, וב-2006 אף הגיעה לחצי הגמר, בו הודחה על ידי האלופה בסופו של דבר ריטאס וילנה 1–2. באותה עונה העפילה נבז'יס לחצי גמר הליגה הבלטית לאחר ניצחון ברבע הגמר על ונטספילס ותבוסה 56–91 לז'לגיריס קובנה.[1] ב-2008 זכתה הקבוצה בתואר הראשון שלה, גביע האתגר של הליגה הבלטית, לאחר ניצחון בגמר 81–68 על VEF ריגה.