בברית המועצות כתב קופיטמן יצירות קאמריות ווקאליות, אך הלחין גם יצירות להרכבים גדולים כמו סימפוניה וקונצ'רטו לפסנתר ותזמורת. הוא כתב גם מוזיקה לתיאטרון ולקולנוע. כבר בברית המועצות שילב ביצירותיו יסודות אלאטוריים ושילב מבנים בעלי צורה מוגדרת (סטאבילה) עם מבנים בעלי צורה חופשית יחסית (מובילה). קופיטמן הלחין בתזמור רבגוני ומבריק והשתמש בכתיבתו באמצעים מודרניים.
בשנת 1972 עלה קופיטמן לישראל. התרשמותו מאירועי מלחמת יום הכיפורים מצאה ביטוי בקנטטה "שמש אוקטובר", לפי שיר של יהודה עמיחי, שקסם לו בשילוב בין ליריות לדרמטיות ובשפה המוזיקלית העשירה שלו. קופיטמן בנה את היצירה כשורה של אפיזודות והבליט את הניגודים שבשיר - מלחמה ואבל מול שמש, טבע וילדים - באמצעים מוזיקליים.
בישראל הכיר קופיטמן את הפולקלור היהודי. השפעת המסורת התימנית באה לביטוי כבר ב"קינה" לחליל סולו (1973), היצירה הראשונה שכתב בארץ. ביצירות הבאות שכתב לכלי סולו שונים אפשרויות טכניות חדשות ודרכי תיווי מתאימות וברורות. לכתיבתו אופייני מבנה אפיזודי, קטעים נפרדים הקשורים בנוסחאות צליליות או מקצביות.
קופיטמן חותר ביצירתו לסינתיזה בין מסורת המוזיקה היהודית לבין האמצעים החדישים לביטוי המוזיקלי.
"זיסקינד פון טרימברג" (1982), אופרה ללברית של רחה פריאר על חיי מינזינגר יהודי מימי הביניים. האופרה היא שורה של סצינות קאמריות מחייו של זיסקינד, הקרוי על שם חברו מילדות, שהיה לברון פון טרימברג ולפטרונו של הזמר והמשורר היהודי.
"מבנים משתנים" (1986), עשרים וארבעה פרלודים קצרים לפסנתר.
"מכתבי יצירה" לקול וכלי קשת (1986), שלושה שירים על טקסט משיר עברי עתיק בתרגום לאנגלית.