לפידוס שהה בסביבתה של העיר רומא כשקיסר נרצח באידו של מארס 44 לפנה"ס, במהומה הפוליטית שנוצרה בעקבות הרצח הוא חבר למרקוס אנטוניוס ועזר לו להשתלט על העיר ומונה למשרת הפונטיפקס מקסימוס. לאחר מכן הוא חזר לפרובינקיות שלו כדי להתכונן למלחמת האזרחים החדשה שללא ספק עתידה הייתה לפרוץ כתוצאה מהרצח.
בינתיים הטיל אנטוניוס מצור על דקימוס יוניוס ברוטוס אלבינוס, אחד מרוצחיו של קיסר, בגאליה קיסאלפינההסנאט ואוקטביוס תקפו את אנטוניוס, הסנאט ניסה למשוך לצידו את לפידוס, שהיה עם צבאו בגאליה נאברוננסיס, על ידי כך שהכריזו עליו כפרש וכאימפרטור אולם בסופו של דבר לפידוס בחר בנייטרליות ולא צידד באף אחד מן הצדדים. אנטוניוס הובס בקרב מוטינה אולם מצביאי הסנאט נפלו חלל בקרב והפיקוד על הלגיונות היה כולו של אוקטביוס. לאחר תבוסתו נמלט אנטוניוס עם שארית צבאו לגאליה נאברוננסיס ואיחד כוחות עם לפידוס.
פסל של מרקוס איימיליוס לפידוס
כתוצאה מהקרב התרחשו שינויים פוליטיים ברומא. אוקטביוס שכפה על הסנאט לבחור בו כקונסול, ביטל את החלטותיו כנגד אנטוניוס ולפידוס ובפגישה ביניים סיכם על הקמתו של הטריומווירט השני. הוסכם שאוקטביוס ואנטוניוס יצאו להילחם ברוצחי קיסר, מרקוס יוניוס ברוטוס וגאיוס קסיוס לונגינוס, במזרח בעוד שלפידוס יישאר ברומא ויכהן כקונסול של שנת 42 לפנה"ס.
לאחר תבוסתם של רוצחי קיסר, חל ניסיון התקוממות באיטליה כנגד אוקטביוס מצד לוקיוס אנטוניוס ופולביה אנטוניה, אחיו ואשתו של מרקוס אנטוניוס. לאחר תבוסת המתקוממים, אנטוניוס ואוקטביוס הצליחו להגיע להסכם שלום וחידשו את ברית הטריומווירט כשהם מחלקים את העולם הרומאי, אוקטביוס קיבל את הפרובינקיות המערביות, אנטוניוס את החלק המזרחי בעוד שלפידוס אולץ לוותר על הפרובינקיות שלו ונאלץ להסתפק באפריקה. ההסדר החדש הדגיש את נחיתות כוחו של לפידוס ואת עובדת היותו הצלע החלשה בברית הטריומווירט.
לפידוס נשאר באפריקה עד שנת 36 לפנה"ס. בשנה זאת הוא זומן על ידי אוקטביוס לסיקיליה (כיום סיציליה) לשם סיוע במלחמה כנגד סקסטוס פומפיוס. לפידוס נחת בסיקיליה עם שנים עשר לגיונות, כבש את לילבאום ומסינה והשתלט על שמונת הלגיונות של פומפיוס, עם כוחו הצבאי הוא הרגיש ביטחון מספיק כדי לקרוא תיגר על אוקטביוס ולנסות להפוך לשותף שווה בברית הטריומווירט.
נראה היה שהמלחמה בין לפידוס לאוקטביוס היא בלתי נמנעת אולם אוקטביוס, שבעת הזאת נישא על גלי הפופולריות, כיורשו של קיסר ומשום שמצביאו מרקוס ויפסניוס אגריפה הצליח להביס את פומפיוס במילאי ובנאולוכוס (הישג שאוקטביוס ייחס לעצמו), הופיע במחנהו של לפידוס ובכוח אישיותו הלהיב את החיילים וגרם להם לעבור לצידו.
לפידוס איבד את שארית הכוח הצבאי והפוליטי שהיה בידיו. בניגוד לנהוג באותו הזמן אוקטביוס איפשר לו לחיות ולהמשיך לכהן כפונטיפקס מקסימוס. למרות שלפידוס לא נחשב כאיום אוגוסטוס בכל זאת הרחיק אותו ממוקדי הכוח, הוא חסם הצעה להעניק לו חברות בסנאט ונמנע מלהתייעץ עם חבר הפונטיפקס, שלפידוס עמד בראשם, בכל הקשור לעניינים דתיים. הוא נפטר בשנת 13 לפנה"ס.
_replica_in_Pushkin_museum_01_by_shakko.jpg)
