את הכשרתו הרשמית הראשונה בתחום המחול והתיאטרון רכש קנינגהם במכללת קורניש לאמנויות, שם פגש את ג'ון קייג', שהיה פסנתרן מלווה בשיעורי המחול. מאוחר יותר עבר לניו יורק ולמד בבית הספר האמריקני לבלט. בין השנים 1939 ו-1945 שימש כרקדן סולן בלהקת המחול של מרתה גרהם, וחיבר בשנת 1943כוריאוגרפיה לאופרה "הרוח נשארת", פרי עטו של פול בוולז. באפריל 1944 הופיע לראשונה בניו יורק בקונצרט סולו עם ג'ון קייג'. בקיץ של שנת 1953 הקים את "להקת המחול מרס קנינגהם" שהופעותיה הראשונות היו במכללת בלאק מאונטן.
קנינגהם הושפע ממילותיו של אלברט איינשטיין "אין נקודות קבועות בחלל", ופיתח שיטת יצירה הידועה בשם "פעולות המקרה" שאותה עיצב בשיתוף פעולה הדוק עם קייג'. קנינגהם הושפע אף מזן ומדאדאיזם ויצר בהמשך מספר משפטי ריקוד המתבססים באופן אלאטורי וסריאלי על הטלות קובייה, קלפים או מטבעות לקביעת סדר התנועות, כיוונן בחלל ומספר החזרות על כל תנועה. פעמים רבות הזמין מוזיקאי שילחין מוזיקה ואמן פלסטי שייצור סביבה חזותית בזמן שהוא מחבר את התנועה. השלושה עובדים בנפרד ואת התוצר האמנותי ישלבו לראשונה על הבמה בפני קהל. אף על פי שאחדים ראו זאת כביטול האחריות האמנותית מצד היוצר, קנינגהם נלהב מאוד מתהליכי יצירה המולידים תוצרים אמנותיים שלא היו נולדים בשיתוף פעולה מסורתי. אין זה אומר, כמובן, שקנינגהם הכתיר כל יצירה שחוברה בתהליך שכזה כיצירת מופת; את אלה שלא צלחו סילק מהרפרטואר ואילו את אלה שכן שיבח כ"תגליות של הצלחה מקרית". במובן זה, "פעולות המקרה" דומות במידת מה לאלתור, ששימש יוצרים רבים כמקור השראה.
בשנות השמונים לחייו לא היה מסוגל לרקוד, אך עדיין המשיך ליצור כוריאוגרפיות בעזרת תוכנת מחשב ועבד עם הרכבים מוזיקליים שונים (בהם סיגור רוס ורדיוהד) על מנת ליצור פסי-קול לעבודותיו.
קנינגהם היה בצוות המפַתֵּחַ של תוכנת המחשב ליצירת קומפוזיציות בכוריאוגרפיה "Danceforms", אשר נקראה לפנים "Lifeforms".
הטכניקה המפורטת והמובנית של קנינגהם לאימון הגוף בתנועה שמה דגש על כוח ועל קלות תנועה. יצירותיו של קנינגהם ידועות בדרישות האתלטיות הקשות והכמעט בלת-אפשריות מן הרקדנים.
.svg){kind=logo}
