בל"ג בעומר תש"א (1941) הגיע ביחד עם בני משפחתו לארץ ישראל, שבועות בודדים לפני שגורשו הנתינים הזרים מאונגוואר לגבול הפולני, שלמעט בודדים, כולם מתו ממחלות ורעב והשאר נרצחו על ידי הנאצים. בתחילת הגעתו ארצה למד תקופה קצרה בתלמוד תורה "תורה ויראה", משם עבר לישיבת תורת אמת, כבר אז נחשב לעילוי ולפיכך למד עמו בחברותא רבה של קטמון הרב דב בער אליעזרוב סוגיות סבוכות בשולחן ערוך, עוד בהיותו כבן שתים-עשרה. כן למד בישיבת "בית יוסף צבי" אצל הרב יוסף צבי דושינסקי, אותו ראה כרבו מובהק. בהיותו כבן שש עשרה נתבקש על ידי הרב שמואל הלוי ואזנר שהתרשם מאוד מלמדנותו, לבוא ללמוד בישיבתו חכמי לובלין בעיר בני ברק, העילוי הצעיר נעתר לבקשה ועשה שם תקופה קצרה כשלאחר מכן שב לישיבת תורת אמת.
בכסלו תשי"ב נישא לרבנית גולדא בת הרב משה מנחם הרשטיג, והחל לשמש בפועל כראש הכולל "ישיבת אמרי יוסף" בירושלים שהייתה תחת נשיאותו של אביו. כעבור מספר שנים הוזמן ליטול חלק בין צוות רבני מכון אוצר הפוסקים, תחילה שימש כעורך ובהמשך כעורך ראשי ויו"ר המערכת, מתוקף תפקידו עמד במשך השנים בקשרים עם גדולי הרבנים בהלכה.
בשבט תשל"ח עם פטירתו של אביו הוכתר על ידי רבה של העדה החרדית בירושלים רבי יצחק יעקב וייס לממשיך דרכו באדמו"רות, בתפקיד זה נשא במשך שלושים ושלוש שנים.
נודע כנואם בחסד עליון, בקי עצום בספרי דרוש, חסידות ופוסקים, ובעיקר בשולחן ערוך אבן העזר. בחייו נדפס ספרו "ברכות אבי" דרושים על ברכת המזון על פי סדר פרשיות השבוע. הותיר אחריו אלפי כתבים בדרוש ובהלכה ולאחר פטירתו יצאו לעת עתה שני ספרים מתוך כתבי היד שלו על ספרי בראשית ושמות תחת השם "גדולת מרדכי".
במשך שנות הנהגתו נהג לנסוע לשבתות ביישובים ברחבי הארץ בהן ערך שולחנות שבת ומסר שיחות מוסר, דרשות ושיעורים בפרקי אבות, אליהם נהרו יהודים מכל החוגים. גולת הכותרת של השבתות אותן ערך הייתה שבת מירון שהתקיימה מדי שנה לקראת הילולת רבי צבי הירש מזידיטשוב, על קבר רבי שמעון בר יוחאי, ובה השתתפו מאות חסידים שהגיעו למקום מכל רחבי הארץ. בשבת זו סעד האדמו"ר את סעודות השבת עם כל המשתתפים בתחילה בחצר המערה, וברבות השנים כאשר הציבור גדל בחדר האוכל של קמפוס בני עקיבא סמוך לקבר הרשב"י. מסורת זו הופסקה כארבע שנים לפני פטירתו, כאשר החלה הרעה במצב בריאותו.
נפטר במרכז הרפואי שערי צדק בירושלים בכ"ד בתמוז תשע"א, בהלווייתו השתתפו אלפים והוא נקבר בחלקת ספינקא בהר הזיתים בסמוך לקברי אביו ודודו האדמו"ר רבי נחמן כהנא.
בניו
רבי אברהם יצחק כהנא, האדמו"ר מספינקא ירושלים. הוכתר בלווית אביו על ידי דודו הרב יהושע רוזנברגר.
רבי שלמה שמואל כהנא, הוכתר אף הוא כאדמו"ר מספינקא ירושלים, חתנו של רבי אליעזר זאב מראחוב.
רבי אליעזר ליפא כהנא הוכתר לאב"ד ספינקא ירושלים.
רבי אפרים דוב כהנא, מכהן כמשגיח הרוחני של ישיבת בעלזא בית חלקיה, חתן הרב שלום יהודה גרוס האדמו"ר מהאלמין
רבי משה מנחם כהנא, האדמו"ר מסערדנא בבני ברק, הוא חתן רבי אלימלך כהנא מספינקא בני ברק.
רבי חיים יהודה כהנא, מתגורר בקנדה ומכהן כמשגיח בישיבת טהאש שבקנדה
לקריאה נוספת
אהרן רבינוביץ, שר וגדול בישראל, עיתון המבשר התורני, כ"ב בתמוז תשפ"א, גיליון מס' 657 עמ' ד–ז
