נולד לחנה ולרב דוד אלחדאד[1] במרוקו, האזור שבו נולד לא ידוע אך יש משערים שנולד בדרום המדינה בסביבות העיר תרודאנת[2]. יחד עם אביו עלה לארץ ישראל בצעירותו, למד בישיבות בירושלים ונישא לרבקה מסעודה, בתם רחל נפטרה בצעירותה. לאחר פטירת אשתו נישא בשנית לקלרה. לאחר נישואיו החל לעסוק בתורת הקבלה והצטרף לחבורת המקובלים שהתרכזה סביב ישיבת המקובלים בית אל.
בשנת ה'תרס"ג (1903), נפטר הרב ששון בכר משה פרסיאדו, ראש ישיבת המקובלים בית אל, אותו הוא מכנה "רב אחאי גאון", והרב מסעוד התמנה תחתיו לכהונת ראש הישיבה כשמפאת גילו המופלג, מונה לצידו הרב נחמן וידאל אנג'יל, כמנהל הישיבה, מאז כונה "הרב החסיד". הוא שימש בתפקידו זה במשך כחצי יובל עד פטירתו בשנת ה'תרפ"ז, (1927). עותק בן 14 כרכים בכתב יד של סידור הרש"ש ששימש אותו בעשרות שנות כהונתו כראש הישיבה ומתוקף תפקידו זה כשליח ציבור של חכמי הישיבה, ושעליו רשם את הערותיו והוספותיו היווה את התשתית למהדורה המודפסת של הסידור שראתה אור בראשית שנות ה-80.
פעמיים הוא יצא כשלוחא דרבנן של קהילת בית אל לערי תוניסיה וצפון אפריקה: בשנת ה'תרנ"א (1891) יצא למדינות צפון אפריקה בשליחות הישיבה, באותה שנה בא לתוניסיה. שליחותו השנייה הייתה בשנת ה'תרס"ב (1902), לרגל המצב כלכלי הקשה בישיבה, והוא נסע למרות שהיה בן למעלה משמונים. הוא הגיע לליסבון בירת פורטוגל שם נפגש עם המקובל הרב ישועה הלוי בעל "לי לישועה", שכיבדו מאוד, סיפק את צרכיו, וקבע עמו לימודו[3]. באותה שנה היה בג'רבה, ונתקבל בכבוד על ידי הרב ישראל זיתון והמקובל הרב משה עידאן. בתוניסיה חלה קרוב לשנה במחלה קשה, ויהודי המקום עזרו לו מאוד, הרב זיתון בפרט סייע לו, והם השיבוהו ארצה עם כמות כסף נכבדה. יהודי תוניסיה סיפרו מעשי פלא אודותיו, וגם בלוב הוא התפרסם כבעל מופת[4]. הוא היה גם פוסק הלכה, ונתן הסכמות לספרים שונים.
בשנותיו האחרונות איבד את יכולתו ללכת בכוחות עצמו ומעריציו היו נושאים אותו על כתפיהם בחגים ובשבתות לבית הישיבה כדי שיוכל לשמש כשליח ציבור כמנהגו. את ספריו הכינו לדפוס מקורביו ותלמידיו, הרב שלום הדאיה ובנו הרב עובדיה הדאיה. מהדורה חדשה של הספרים בתוספת תולדות המחבר ראתה אור בירושלים בראשית שנות ה-90 בידי בעל נינתו, אבישי בר-אושר.
הסופר ש"י עגנון מזכירו ב"לפנים מן החומה"[5], ומתאר את החזן "חכם מסעוד הכהן" ביום כפור, כשהיה בן למעלה ממאה:
”בית אל שם בית הכנסת של קהל חסידים עדת המכוונים הוא... שנה אחת ביום הכפורים התפללתי שם מערב עד ערב (כפי הנראה בשנת ה'תרפ"ו), חזן של חסידי בית אל שבאותו הדור, חכם מסעוד כהן היה, שכשנתמלאו לו מאה שנה, עלה לירושלים ונתנו חסידי בית אל עיניהם בו ומינו אותו שלוחם לפני המקום. אותו היום יצקתי מים על ידו, עם כל אחי הלויים, בשחרית ובמוסף ובנעילה. הרגיש בי והחזיר ראשו והביט בי ונענע לי ראשו ופשט את שתי ידיו לצקת עליהם מים, שאותו החכם הכיר בפניו של כל אדם מאיזה שבט הוא והכיר בי שמשבט לוי אני בא...”
הרב מסעוד הכהן אלחדאד נפטר בגיל 107 בערב שבת כ"ד בסיוון ה'תרפ"ז, 24 ביוני 1927, ונקבר בו ביום, בהלוויה המונית בחלקת הכהנים בבית הקברות היהודי בהר הזיתים.[6] בשנות השלטון הירדני, חוללו רבבות קברים ברחבי בית הקברות, בהם קברו של הרב מסעוד שמצבתו נעלמה[7] ומקום קברו אותר מחדש בשנת 2016.
אבישי בר אושר, "לדמותו של מורנו ורבנו חסידא קדישא ופרישא הרב החסיד כמהר"ר מסעוד הכהן אלחדאד זצוק"ל ראש ק"ק חסידים בית אל ירושלים תכב"ץ למלאת שבעים וחמש שנה להסתלקותו", קבץ יום טוב י"א, ישיבת יום טוב, ירושלים, ה'תשס"ב, עמ' 23–43.
יעקב גליס, אנציקלופדיה לתולדות חכמי ארץ ישראל בערכו, ח"ב, ירושלים ה'תשל"ה, עמ' רעד.
שלמה דיין, חכמי המערב בירושלים, ירושלים ה'תשנ"ב, עמ' 297–302.