מגיל צעיר האמינה בכוח החינוך, ותמיד הייתה רגישה למצוקות אנושיות. היא שאפה להיות מחנכת, ובשנים 1958- 1960 למדה בסמינר לוינסקי לתעודת הוראה בתחומי המדעים. היא עבדה כמחנכת לכיתות ז-ח במשך 5 שנים. כבר אז חשה עניין ואתגר לא רק להקנות ידע ולקדם מצוינות של תלמידיה, אלא לסייע לילדים מתקשים. ניסיון זה בהוראה, בחינוך ובקשר רצוף עם משפחותיהם ביסס בה את האמונה כי ללא שותפות עם התלמידים והעצמת משאבי האישיות שלהם, הם יתקשו להתגבר על קשיים ומכשולים במימוש יכולותיהם ומטרותיהם. אהבתה לתלמידים, האמון ביכולותיהם גם כשהם מתקשים, ורצונה להעמיק להבין תהליכים הגורמים לילדים ובני נוער להתייחס לקשיים כאל אתגרים, שניתן וראוי להתמודד איתם, החזירו אותה ללימודי פסיכולוגיה באוניברסיטת תל אביב בשנים 1962-1969 (תואר ראשון בפסיכולוגיה ומקרא שסיימה בהצטיינות, במקביל לעבודתה כמורה; ותואר שני בפסיכולוגיה חינוכית, שסיימה בהצטיינות).
במסגרת עבודתה במכון שניאורסון, הפכה אותו למרכז מומחיות, שהתמקד בשלושה תחומים:
אבחון, ייעוץ וטיפול בילדים בחינוך המיוחד.
מרכז להדרכת מחנכים, פסיכולוגים ומשפחות ולייעוץ במקרים קשים.
ייעוץ למינהל החינוך בעירית תל אביב בהתייחס לפיתוח מערכות חינוך חדשניות בעיר שעונות על הצרכים המיוחדים המתפתחים, ולמתן מענה פסיכולוגי גלובלי לבעיות המתעוררות במערכות החינוך.
ב-1994 קיבלה דרגת פרופסור מן המניין באוניברסיטת תל אביב, ובשנים 2000–2004 שימשה שם כראש בית הספר לחינוך.
משמשת כיום כראש בית הספר למדעי ההתנהגות במרכז האקדמי פרס.
מחקריה עסקו לאורך השנים בהשפעת רגשות על התפתחות ילדים והסתגלותם במסגרת המשפחה ובית הספר, תוך התמקדות במודל התקווה; גורמי סיכון וגורמי חוסן בהתמודדות של ילדים ומשפחות מול אתגרים; הפסיכולוגיה של תלמידים עם ליקויי למידה, הפרעות התפתחות והתנהגות; תחושת בדידות של ילדים והורים והקשר שלה לתקשורת וחברות וירטואלית, ועוד. פרסמה לאורך השנים 5 ספרים ומאות מאמרים בכתבי עת מדעיים בינלאומיים.
מכהנת כעורכת בכתב העת "Journal of Learning Disabilities".
מרגלית כיהנה בתפקידים מרכזיים במספר ארגונים בינלאומיים בתחומה, בהם סגנית נשיא באקדמיה הבינלאומית למחקר בליקויי למידה (IARLD), וחברה בוועד המנהל של החברה הבינלאומית למחקר בהתערבות מוקדמת (ISEI), סגנית יו"ר הארגון הבינלאומי לחינוך מיוחד, ויו"ר הוועדה ללקויות ולשיקום בארגון הפסיכולוגים הבינלאומי.
ב-1997 עמדה בראש "ועדת מרגלית", ועדה ציבורית לבחינת מיצוי יכולתם של תלמידים עם ליקויי למידה[3]. בשנת 2000 עמדה בראש ועדה ציבורית לבחינת היישום של חוק החינוך המיוחד וקידום השילוב של תלמידים עם צרכים מיוחדים[4]. משרד החינוך אימץ את מסקנות שתי הוועדות, והן הוחלו על כלל מערכת החינוך[5].
