הועדה המחוזית לתכנון ולבנייה בירושלים אישרה את תוכנית המלון ביוני 1971[1], תוכנית שקודמה ביוזמת משפחת פריצקר בעלת רשת המלונות "הייאט"[2], אך התוכנית נתקלה בהתנגדויות עקב גודלה והפגיעה הצפויה בקו הנוף של צפון ירושלים, מאחר ש"הייאט" ביקשה לבנות מגדל בן 24 קומות ובו 700 חדרים. התוכנית אף הגיע לדיון בוועדת הפנים של הכנסת[3]. עתירות לבג"ץ נגד צמצום התוכנית ונגד אישור התוכנית המצומצמת נדחו על ידי בג"ץ בנימוק של אי מיצוי ההליכים בפני הוועדה המחוזית[4]. המלון קיבל מעמד של "מפעל מאושר" על פי החוק לעידוד השקעות הון וזכה במענק ממשלתי שכיסה כשליש מעלות ההקמה[5]. המלון נבנה בחלקו על קרקע שהופקעה מפלסטינים תושבי שכונת "הר הצופים" הצמודה למבנה המלון מצפון לו[6].
בניית המלון התעכבה במשך שנים רבות עקב המחלוקת על גודל המבנה שהוצע. האדריכל דוד רזניק הכין תוכנית חדשה בה צומצם גודל המבנה (מכ-700 לכ-500 חדרים) ובמקום מגדל תוכנן מבנה מדורג שמשתרע על המדרון, עם זאת, גם לאחר צומצם התוכנית המלון הוא אחד מהמלונות הגדולים ביותר
שנבנו בישראל. המבנה מחולק לסדרה של אגפים ריבועיים השזורים זה בזה ומקיפים כל אחד חצר פתוחה או מקורה[7].
משפחת פריצקר יצאה מהפרויקט ויזמים יהודים ממקסיקו הובילו אותו במקומה. היזמים הקימו ב-1977 חברה בשם "רג'נסי הר הצופים בע"מ" למטרת ניהול והקמת המלון (ב-1985 שונה שם החברה ל"מלון רג'נסי ירושלים בע"מ."). ב-1993 החברה גייסה הון באמצעות הנפקת מניות שנסחרו בבורסה לניירות ערך בתל אביב[8]. בניית המלון נמשכה כ-7 שנים בהשקעה של כ-60 מיליון דולר (מתוכם 20 מיליון דולר היו מענק ממשלתי), והוא נפתח ב-1987 בניהולה של רשת הייאט העולמית תחת השם "הייאט רג'נסי ירושלים". המלון נפתח מספר שבועות לפני פרוץ האינתיפאדה הראשונה, סבל מיד מהירידה בכמות התיירים שהגיעו לישראל, ושיעורי התפוסה בו היו אפסיים[9]. ואף היה חשש שהוא ייסגר[10].
במאי 1988 הזמנו שגרירים מאירופה וארצות הברית לאירוע במלון בהשתתפות נשיא המדינה חיים הרצוג, אך הם סירבו להשתתף בטענה שהוא ממוקם במזרח ירושלים ולא בשטח ריבוני מוסכם של ישראל[11].
בתקופת האינתיפאדה השנייה סבל המלון, כיתר בתי המלון בישראל, מהתמעטות לינות תיירים ונשען בעיקר על תיירות פנים לירושלים[12]. ב-17 באוקטובר2001, במהלך האינתיפאדה, נרצח השר רחבעם זאבי במלון בידי מחבל פלסטיני[13]. השר זאבי נהג ללון במלון כאקט סמלי של עידוד התיירות לישראל בתקופת השפל של האינתיפאדה מתוקף היותו שר התיירות[14]. לאחר הרצח נסגרו שתי קומות ה"קלאב" היוקרתיות של המלון לתקופה קצרה. בעקבות אירועי הטרור והימשכות השפל תפוסת המלון ב-2002 הייתה 18.1% בלבד, ורשת הייאט יצאה מניהול המלון ושמו שונה לרג'נסי ירושלים. המלון סיים את השנה עם הפסד של 21 מיליון שקל על הכנסות של 23 מיליון שקל[15].
במסגרת תוכנית ההתנתקות, שוכנו תושבי נווה דקלים במלונות בירושלים באופן ארעי. קבוצה של 20 משפחות ממפוני היישוב נשלחה למלון רג'נסי ירושלים והתגוררה במלון במשך שמונה חודשים[20]. לאחר פינוי מפוני נווה דקלים מהמלון, נערך בו שיפוץ יסודי והוא נפתח מחדש לקהל באביב 2006 ומוצב שוב כמלון מהשורה הראשונה במלונות ירושלים.
במאי 2008 בעלי השליטה בחברת "מלון רג'נסי ירושלים בע"מ" מכרו 44% מהחברה תמורת 15 מיליון דולר לפי שווי חברה של כ-34 מיליון דולר[21].
במאי 2010 נרכש המלון תמורת 47 מיליון דולר על ידי רשת מלונות דן, אשר החליטה לשפצו בשנית עד סופה של אותה שנה[22]. בשנת 2011 השלימה קבוצת חג'ג' את רכישת השלד הבורסאי של "חברת מלון רג'נסי"[23].
