מכולת קירור (ידועה בכינוי reefer) היא מכולה בעלת אמצעי קירור להובלת מטען הדורש טמפרטורה מבוקרת. בעוד שלמכולת קירור יש יחידת קירור מובנית, עיקר הכוח החשמלי להפעלתה בא ממקור חשמל חיצוני, בין ביבשה או על אונייה בים. כאשר המכולה משונעת בדרכים על נגרר או משאית ניתן להפעיל את יחידת הקירור בעזרת דיזל-גנרטור הנמצא במכולה.
חלק ממכולות הקירור מצוידות במערכות לקירור בעזרת מים שבהן ניתן להשתמש כאשר מכולה מאוחסנת בבטן האונייה, או בסיפון שבו אין אוורור מספיק כדי לנקז את החום הנפלט מיחידת הקירור. מערכות קירור במים יקרות יותר ולכן אוניות מכולות מודרניות מצוידות במתקני אוורור המאפשרים את ניקוז האוויר החם מבטן האונייה והשימוש במערכות קירור במים הולך ופוחת.
השפעת מכולות הקירור על החברה המודרנית היא נרחבת ביותר. מכולות אלה מאפשרות לספק לצרכנים ברחבי תבל תוצרת חקלאית טרייה בכל ימות השנה ולהיחשף למוצרי חקלאות טריים ממקומות מרוחקים.
קירור קריוגני
מערכת קירור נוספת הנמצאת לעיתים בשימוש במכולות קירור הנשלחות למרחקים קצרים היא בעזרת קרח יבש או חנקן נוזלי. הגז שהוקפא, או הונזל, מתנדף באיטיות ובאותה עת מקרר את חלל המכולה ונפלט ממנה. המכולה מתקררת כל עוד קיים גז מוקפא בתוכה. שיטה זו הייתה בשימוש בעת שינוע מכולות קירור בקרונות רכבת ומאפשרת קירור למשך 17 יום. אף שאין משנעים בתכיפות מכולות קירור בדרך האוויר, שיטה זו ננקטת גם בעת משלוח מכולת קירור בהטסה. במכולות אלה קיים תא שאותו ממלאים בקרח יבש ובקרת הטמפרטורה במכולה נעשית בעזרת מפוח חשמלי המופעל באמצעות תרמוסטט. מכולות קירור בהטסה נועדו לשמור על טמפרטורה יציבה בשיטה זו עד 100 שעות.
מכולות קירור קריוגני בגודל מלא יכולות לשמר טמפרטורה עד לשלושים יום ומתאימות למשלוח בדרך הים. כיוון שאין צורך לחבר מכולות אלה למקור כוח חיצוני, ניתן לאחסנן בכל מקום באוניית מכולות שבו מאוחסנות מכולות מטען רגילות.
מכולות קירור עם גיבוי
לשינוע מטען יקר, הרגיש לשינויי טמפרטורה, או מטען מסוכן, יש צורך בשימוש במערכות קירור בעלות אמינות גבוהה. להשגת רמת אמינות גבוהה בקירור קיימות מכולות קירור בעלות מערכות קירור כפולות, בהן מערכת אחת משמשת לגיבוי בלבד.
מכולת קירור בעלת מערכת גיבוי העומדת בתקן ISO מורכבת ממכולת קירור רגילה בתקן ISO שבה מערכת קירור מובנית ומערכת קירור לגיבוי וכן שתי מערכות דיזל גנרטורים, האחת מהן לגיבוי. מערכת הקירור העיקרית ומערכת הגיבוי מותקנות בקצה אחד של המכולה. בין שתי המערכות קיים חיבור חשמלי להפעלה וכיבוי אוטומטיים של המערכת, כך שרק מערכת קירור אחת תפעל בכל רגע נתון. במידה ומתרחשת תקלה במערכת הקירור העיקרית, נכנסת מערכת הגיבוי לפעולה באופן אוטומטי.