שורשיה של אגודת הספורט מכבי ברלין באגודת "בר כוכבא ברלין" אשר הוקמה ב-1898. בר כוכבא ברלין היה אחד מארגוני הספורט היהודים הגדולים בעולם ב-1930, אז מנה 40,000 חברים מ-24 מדינות. האגודה הייתה חלק מאגודת בר כוכבא הכללית, אגודת סטודנטים יהודית ציונית, שהוקדשה לקידום החינוך הגופני והספורט בקרב היהודים. בר כוכבא ברלין כללה גם מחלקת כדורגל, שהתמודדה בליגות העירוניות של ברלין בין השנים 1911 – 1929. בשנת 1929 התאחדה תנועת בר כוכבא עם תנועת הכח ברלין כדי לייסד את תנועת "בר כוכבא-הכח". קבוצת הכח ברלין הייתה קבוצה מצליחה יחסית שהצליחה להתמודד בליגות הנמוכות של האליפות הגרמנית ונחשבה למועדון כדורגל מקצועני מוצלח למדי בשנים 1925 – 1927.
עם עליית הנאצים לשלטון ב-1933 החלה אפליה נגד יהודים, וב-1933 קבוצות כדורגל יהודיות נדחו על ידי איגודי הספורט ולא ניתן להן להשתתף בתחרויות הכלליות. הקבוצות היהודיות הוגבלו לטורנירים וליגות מוגבלות. ב-1938 בוטלו הקבוצות היהודיות כליל כאשר האפליה הפכה לרדיפה. חלק מחברי בר כוכבא עלו לארץ ישראל ב-1933 והתיישבו ברחובות, שם הצטרפו למכבי רחובות.[1] כמו כן חברי הכח ברלין הקימו את קבוצת הכח תל אביב.
הקמה מחדש
לאחר מלחמת העולם השנייה וחידוש הקהילה היהודית בברלין, הוקמו מחדש אגודות הספורט היהודיות. ב-26 בנובמבר1970 הוקמה מכבי ברלין כחלק נפרד ממועדון האתלטיקה וההתעמלות בר כוכבא ברלין וקבוצת הכדורגל הכוח ברלין שהוקמה מחדש ב-1945. בשנות השבעים והשמונים של המאה ה-20 הקבוצה שיחקה בליגות הנמוכות עד שעזבה את אגודת הספורט והצטרפה לקבוצת FV ואנזה ב-1987. לאחר הידרדרות FV ואנזה, כדורגלני מכבי ברלין חזרו למועדון ב-1997. הקבוצה התקדמה לאורך השנים והתבססה היטב בליגות הברלינאיות עד אשר זכתה באליפות הליגה הברלינאית הראשונה ב-2022 ועלתה לליגת צפון-מזרח גרמניה העליונה.
כיום אגודת מכבי ברלין כוללת 600 חברים והיא בין אגודות מכבי הגדולות[דרוש מקור] בגרמניה. האגודה מעודדת דו-שיח נרחב בין יהודים ולא-יהודים בהקשרי ספורט.
ב-2023 מכבי ברלין זכתה לראשונה בתולדותיה בגביע ברלין המקומי בניצחון 1–3 על ספרטה ליכטנברג בגמר הטורניר. בעקבות זאת, בעונת 2023/2024 הקבוצה השתתפה לראשונה בתולדותיה בסיבוב הראשון של הגביע הגרמני.[2][3] שם פגשה הקבוצה ב-13 באוגוסט2023 את וולפסבורג מהבונדסליגה, והפסידה 0–6.
מועדוני כדורגל יהודיים ממשיכים להיאבק באנטישמיות שעדיין רווחת בגרמניה. באוקטובר 2006, למשל, במהלך משחק בין מכבי ברלין לאלטגליניק ברלין (VSG Altglienicke Berlin) במסגרת הליגה השנייה של מחוז ברלין, אוהדי הקבוצה היריבה קראו קריאות אנטישמיות כנגד שחקני הקבוצה היהודית, בינן "גז ליהודים", "אושוויץ חזר" ו"פיהרר, פיהרר". המקרה זכה לכיסוי תקשורתי נרחב של כלי התקשורת בגרמניה, ובישראל.