בשנת 2000 הודיע ביל קליי על פרישתו מהקונגרס לאחר 32 שנה. בנו, לייסי, התמודד בבחירות מקדימות מול שני מתמודדים על מועמדות המפלגה הדמוקרטית כדי לרשת את אביו. לאחר שזכה במועמדות, נבחר בבחירות הכלליות לבית הנבחרים, מטעם המחוז הראשון של מיזורי, מחוז הקונגרס המזוהה באופן מובהק עם המפלגה הדמוקרטית. מאז נבחר מחדש תשע פעמים נוספות וזכה במועמדות מפלגתו בהפרש ממוצע של 30% מיתר יריביו. בעשר בחירות כלליות, גרף קליי בממוצע כ-73.5% מקולות הבוחרים.
בשש הקדנציות הראשונות שלו ייצג קליי את שני השלישים הצפוניים של סנט לואיס, ואילו השליש הדרומי היה בשטחי מחוז הקונגרס השלישי של מיזורי, שיוצג בידי ראס קרנהאן, בנם של מל וג'ין קרנהאן. לאחר שמיזורי איבדה מחוז קונגרס עקב מפקד האוכולוסין ב-2010, התמורות במושביה של מיזורי בקונגרס הביאו לכך שכלל סנט לואיס תיוצג בידי קליי.
בפריימריז של בחירות 2018 גבר קליי על קורי בוש ושני מתמודדים נוספים עם 56.7% מהקולות, ובבחירות הכלליות גבר על מועמד המפלגה הרפובליקנית עם קרוב ל-80 אחוזים. לעומת זאת, בפריימריז שהתקיים ב-2020, הפסיד קליי לבוש כשלו 45% בלבד[5]. וכהונתו תמה עם התכנסות הקונגרס ה-117 של ארצות הברית, כאשר בוש מחליפה אותו וכך למעשה תמו 52 שנה של כהונת משפחת קליי בבית הנבחרים האמריקאי.
חיים איישים
קליי נישא לראשונה לאייבי, ב-1992, לזוג 2 ילדים. ב-2009 הגיש בקשה לגירושין מבלי ידיעת אשתו וילדיו, שגילו על כך מהתקשורת, הגירושין נכנסו לתוקף ב-2011. [6]
ב-2015 נישא בשנית לפטרישייה, והם מתגוררים בפרבר של העיר סנט לואיס.
