בשנות מלחמת העולם השנייה נשאר בברלין והיה פעיל במחתרת. הוא היה חבר בקבוצת "הדוד אמיל" יחד עם בת-זוגו, העיתונאית רות אנדריאס-פרידריך. הם הכניסו נרדפי שלטון, בהם יהודים, אל דירתם, נתנו כסף וניירות מזויפים לאנשים שנזקקו להם וסייעו להם להימלט מגרמניה הנאצית. במסעות הקונצרטים שלו מחוץ לגרמניה פעל בורכארד לגיוס תמיכה בפעולותיו האנטי-נאציות.[1] ב-26 במאי1945, שבועיים וחצי אחרי כניעתה ללא תנאי של גרמניה, ניצח על הפילהרמונית של ברלין בקונצרט, שתוכניתו כללה את הסימפוניה הרביעית של צ'ייקובסקי ונחל הצלחה גדולה. כעבור שבוע מונה למנהל מוזיקלי של התזמורת. הוא תפס את מקומו של וילהלם פורטוונגלר, שיצא לגלות בשווייץ.
בברלין אוגוסט 1945 נורה בשוגג למוות בידי חייל אמריקאי.