בשנים 1979–1985 התמחה בקרדיולוגיה וברפואה פנימית במרכז הרפואי תל אביב ע"ש סוראסקי, ובסיום ההתמחות קיבל תעודת מומחה בקרדיולוגיה. משנת 1986 ממלא תפקידי ניהול רפואי במרכז הרפואי תל אביב ע"ש סוראסקי, בשנת 1992 מונה לסמנכ"ל המרכז ובשנת 2008 מונה בנוסף למנהל בית החולים השיקומי בו.
בשנת 1991 מונה למרצה לקרדיולוגיה בפקולטה לרפואה ע"ש סאקלר, בשנת 1998 עלה לדרגת מרצה בכיר קליני, בשנת 2002 מונה לפרופסור חבר קליני לקרדיולוגיה, ובשנת 2010 מונה לפרופסור מן המניין קליני לקרדיולוגיה, ושימש בתפקיד זה עד 2022.
במרץ 2024 מונה לדירקטור בחברת שופרסל,[1] וב-7 באפריל 2024 מונה ליו"ר דירקטוריון החברה.[2]משרד הבריאות הודיע ששפירא לא יוכל לכהן במקביל כיו"ר שופרסל וכסמנכ"ל איכילוב.[3]