בגיל חמש עשרה נישא, ועבר להתגורר בקובנה, בה החל ללמוד בבית מדרשו של רבי ישראל סלנטר. בשנים אלו היה לאחד מבחירי תלמידיו, והיה בין התלמידים בהם טיפל רבי ישראל באופן אישי במיוחד.
מאחר שביקש להתפרנס מיגיע כפיו, למד את מקצוע הצביעה, אך רבו, רבי ישראל סלנטר, אסר עליו לעסוק בו וציווה עליו לכהן ברבנות. בשנת 1862 התקבל רבי יצחק לרבנות פטרבורג, וכיהן בה שש עשרה שנה.
פטרבורג הייתה בבואו אליה כמעט ריקה מיהדות, ומרכז ההשכלה ברוסיה. בבוא רבי יצחק לשם החל בביסוס הקהילה וחיי הדת בעיר, ופתח במלחמה חזיתית עם ראשי המשכילים שבה. המשכילים לא טמנו ידם, והשמיצוהו מעל גבי עיתוניהם. הסופר יהודה לייב גורדון נהג להשתלח בו מעל גבי העיתון "המליץ" ולכנותו בלעג "רבי יצחק נפחא" (בלאזר פירושו נפח). עוגמת נפש רבה נגרמה לו בפטרבורג בעיקר מריבוי הבעיות בסידור הגיטין בעיר. בעקבות בעיות רבות בתחום, בעיקר בשל מומרים רבים, החליט רבי יצחק להתפטר ממשרתו.
בתקופת פטרבורג חיבר והדפיס את ספרו "פרי יצחק". בהקדמתו לספר כתב שהמניע לחיבור ספרו הוא היות שלא זכה לילדים, כדי להשאיר אחריו זכר לפחות בכתובים, ולכן הוא קורא לספר פרי יצחק. בגיל 50 החליטה אשתו, בניגוד לרצונו, שיתגרשו כדי שיוכל להינשא ולהוליד ילדים, ולשם כך הייתה צריכה לקרוא אותו לדין תורה. הוא נשא אישה צעירה ונולדו לו ממנה בנו שלמה בלזר ובנותיו בריינה, חנה ומרים. במקביל דאג מאוד לצורכי גרושתו, שהייתה שולחת לו קבלות עם דברי שבח.
רבי יצחק עבר להתגורר שוב בקובנה. הוא החזיק במקום בית מזיגה גדול בניהול אשתו, ממנו התפרנס, ולימד בבתי המוסר בעיר שייסד רבו, רבי ישראל סלנטר. כמו כן העביר שיעורים רבים בביתו ובישיבות השונות בעיר.
כתב שבחים של יצחק בלאזר (איציקל פעטערסבורגער) שנשלח לרב יעקב אשר הלוי גרייבסקי
קבר רבי איצל'ה בלאזער בהר הזיתים
שיטתו בעניין זמן הדלקת נרות שבת
הרב בלאזר כתב בספרו "פרי יצחק" שמותרת הדלקת נרות שבת גם זמן מועט לאחר תחילת שקיעת החמה, וזאת על פי שיטת רבנו תם בעניין זמן בין השמשות[1]. הרב אריה ליב ליפקין כתב לו מכתב בתגובה, ובו התריע שהדלקת נרות כזו כרוכה בחילול שבת, ואם אין נוהגים כשיטת רבנו תם, נמצא שמחללים את השבת לשתי השיטות. יש מי שטוען שנושא זה היה בין הסיבות שגרמו לרבי יצחק בלאזר לעזוב את פטרבורג, משום שבה לא ניתן לקיים צאת שבת על פי שיטת רבנו תם.[2]
^ראו במכתב הרב ליפקין בסוף ספר "אור היום" במהדורה החדשה, ובשו"ת בית אב סימן טו סוף אות ז, וכן: הרב משה ברוך קופמאן, החשבון והמציאות - ניצוצי אורה מספר 'אור היום', מתוך גיליון "עלה זית"
