בשובו לרומניה כיהן למשך 19 שנה (1919-1900) כרב בעיר פוקשאן. בשנים 1924-1919 היה רב בבראילה וב-1929-1924 ברדאוץ.[2] במשך כל שנות רבנותו נלחם נגד ההתבוללות ובעד חינוך דתי והכשרה ציונית לאומית והשרשת הלשון העברית המתחדשת. בפוקשאן הקים איגוד של הנוער האקדמאי היהודי. שהוציאה לאור סדרת ספרים בנושאי יהדות ותרבות יהודית.[3] נודעה פעולתו המוצלחת לעקירת המנהג "מורה ז'ודאיקו" (More Judaico), שבועת היהודים המשפילה שנכפתה שנים רבות על יהודים ברומניה.[2]
ד"ר נאכט כתב בעיתונות העברית של זמנו - למשל, בתלפיות, הצפירה, המליץ והשילוח, כיומונים העבריים בוורשה וגם כן
בעיתונים רומנים כמו מוסף של העיתון "אדוורול" לאמנות ולספרות, Curierul Israelit, (ברומנית:השליח היהודי), Institutorul evreu (ברומנית:המורה היהודי), "מבשרת ציון" ו-Mântuirea (מנטואיריה = ברומנית, הגאולה). בשנת 1915 היה חבר מערכת כתב העת "התקווה" שהופיע בעיר גאלאץ. בארץ ישראל כתב בעיתונים דבר והארץ.[2]
הרב נאכט פרסם מחקרי פולקלור רבים ("לשון נקיה", "הנעל", "הרגל", "סמלי אישה") וכן מאות שירים שפורסמו בעיתונים שונים[4] בעזבונו הספרותי נותרו כאלפיים שירים שלא פורסמו, וכן ארכיון רב-ערך של מכתבים מגדולי ישראל. ארכיונו שמור בספרייה הלאומית.[5]
יחד עם הרב יעקב נימירובר היה הרב נאכט חבר בוועדה להפצת הפשה העברית בקרב התלמידים ברומניה.[2]
יעקב נכט, זלמן אפשטיין, י. ל. ברוך (אספו), ידי י. ל. ברוך (ערך), ספר השבת: פרשת השבת, ערכה, גילוייה והשפעתה בחיי עם ישראל ובספרותו מימי קדם ועד היום הזה, תל אביב: אגודת "עֹונג שבת" ("אהל שם"), תרצ"ו 1936. (מהדורה ג עם תוספת: תל אביב: אגודת עונג שבת (אהל שם) על ידי דביר, תש"ו. (הופיע בהדפסות בות נוספות)
סמלי אשה: במקורותינו העתיקים, בספרותנו החדשה ובספרות העמים: מחקרי תורה ואמונות, מנהגים ופולקלור; מלוקט ערוך ומבואר עם הערות רבות מאת יעקב נאכט, תל אביב: ועד תלמידיו וחניכיו של המחבר, תשי"ט.
