לפקין נולד בתל אביב, להוריו צבי ושרה חיה (לבית וילקובריסקי). היה נינו של יצחק לפקין (הידוע בכינוי "אבו באסל", בונה שכונות שערי ירושלים ואהל שלמה, מן השכונות היהודיות הראשונות של ירושלים מחוץ לחומה). סבו, חיים לפקין, היה נשוי לגלה (לבית שלאנק), בתו של יוחנן צבי שלאנק מראשי כולל הו"ד בירושלים. לפקין היה הבכור בשלושה ילדים, אח לתמר ולאמנון (לימים אמנון ליפקין-שחק, הרמטכ"ל ה-15 של מדינת ישראל).
בתום שרותו הצבאי למד לפקין ביולוגיה וגאולוגיה באוניברסיטה העברית. ב-1962 קיבל תואר מוסמך בהצטיינות יתרה עבור עבודתו על אצות חוף מכמורת, בהנחייתו של פרופ' אימרא פרידמן. לצורך עבודתו זו למד לצלול ב-1960, והיה מבין הצוללנים הראשונים בישראל. מחקרו היה הראשון בארץ, ובין הראשונים בעולם, שכללו צלילה בים. את תואר הדוקטור קיבל ב-1972 עבור עבודתו על צומח הנגב הדרומי בהנחיית הפרופסורים מיכאל זהרי וגדעון אורשן.
ב-1963 החל ללמד באוניברסיטת תל אביב, שם שימש כמרצה מן המניין עד צאתו לגמלאות ב-2002. את השתלמות הפוסט דוקטורט שלו עשה באוניברסיטת טקסס טק שבלאבוק, טקסס ב-1972. בשנים 1994–1997 שירת כראש המחלקה לבוטניקה באוניברסיטת תל אביב. לפקין התמחה בחקר האקולוגיה של אצות ועשבי הים של ים סוף, הים התיכון ואצות גופי המים היבשתיים של ארץ ישראל, והיה בקיא היטב גם בצמחי היבשה של הארץ. הוא לימד קורסים כלליים על צומח הארץ, פלוריסטיקה ואקולוגיה של אצות ועשבי ים ושל אצות מים מתוקים ועוד, והכשיר את הדור הבא של ביולוגיים ימיים בארץ.
לפקין הגדיר מיני אצות חדשים לארץ ולמדע, פרסם מאמרים רבים בכתבי יד מקצועיים בארץ ובעולם, והשתתף בכנסים בין-לאומיים. הוא נטל חלק במשלחות בין-לאומיות לאריתריאה (1965), קפריסין ורודוס (1970), נסע לשבתונים בארצות הברית ובאוסטרליה, ושיתף פעולה עם מדענים ברחבי העולם. במסגרת עבודתו ייעץ לגורמים ממשלתיים בענייני אצות, ועזר לאקדמיה ללשון העברית למצא שמות עבריים לצמחי המים של הארץ. כמו כן היה מעורב בפרויקט איתור והתראה על צמחים בסכנת הכחדה בישראל. לפקין היה בין הראשונים שחקרו את הגירתן של אצות מים סוף לים התיכון, דרך תעלת סואץ.
אחת מתרומותיו החשובות הייתה בניית אוסף גדול של אצות ועשבי ים. הוא החל את האוסף ב-1960 עם צמחי הים התיכון, ואחר כך הוסיף לו אצות מים סוף, כולל צמחים שנאספו במסגרת המשלחת הישראלית השנייה לדרום ים סוף (1965). החל ב-1967 הוסיף גם צמחים שאסף בחופי חצי האי סיני ובתעלת סואץ. בין 1968–1970 הוסיף צמחים מרודוס וקפריסין. האוסף המקיף כולל מעל 7,000 דגימות יבשות ומעל 8,000 דגימות משומרות בנוזל. האוסף שמור במוזיאון הטבע ע"ש שטיינהרדט שבאוניברסיטת תל אביב.
תחומי עניין נוספים
לפקין גדל על סיפוריהם של אביו וסבו על חייהם בעיר העתיקה בירושלים ובשכונות הראשונות מחוצה לה. מגיל צעיר התעניין בהיסטוריה של ארץ ישראל ושל היישוב היהודי בה, וערך מחקר גניאולוגי מקיף על משפחתו. הוא טיפח ארכיון שליבתו מסמכים היסטוריים משפחתיים, והתמחה בנושאים רבים הקשורים לישוב היהודי הישן בארץ ולתולדות ההתיישבות היהודית בה. בין השאר ארגן כנסים לצאצאי משפחות לפקין ושלנק, בהשתתפות מאות אנשים. לאחר צאתו לגמלאות השקיע את מלא מרצו במחקרים גיניאולוגיים. הוא התנדב בעמותה למחקר גנאלוגי בישראל ממנה קיבל פרס הוקרה על פעילותו, בחבר'ה קדישא של העיר לודג', ובפרויקט הגיניאולוגי של המורמונים. עבור ארגונים אלה ואחרים תרגם מסמכים רבים מיידיש, גרמנית, פולנית ורוסית.
