נולד בסביבות שנת הת' (1640) לרבי יצחק [שמו המלא: יצחק סמברי, ידיע קטאייה] שהיה מחכמי מצרים. מעטים הפרטים הידועים אודותיו, ואף ידיעה ודאית למוצא משפחתו אין, אם היה מסתערב (מיושבי מצרים הקדמונים) או שמא היה צאצא למשפחה ממוצא ספרדי או אחר, עם זאת ידוע כי אבותיו ישבו במצרים כבר כמה דורות לפניו.
היה בקי בספרות הערבית והשתמש בה רבות לצורך כתיבת ספרו דברי יוסף. כן הוא מזכיר היסטוריונים ערבים שאינם ידועים לנו כיום.
מלבד חיבורו דברי יוסף, חיבר סמברי ספר בשם 'פורת יוסף' העוסק בחקר המסורה, חסרות ויתרות במקרא וטעמי הקריאה. נפטר סביבות שנת תס"ג (1703)
דברי יוסף
ספרו דברי יוסף נכתב במצרים בשנים תל"ב-תל"ג. את הספר כתב בישיבת רבו רבי אברהם סכנדרי, שם הייתה מצויה ספרייה חשובה שהכילה גם ספרים וכתבי יד קדומים ונדירים, בהם נעזר[4].
הספר סוקר את קורות ישראל וחכמיו מתקופת הסבוראים ואילך, בדגש על הפרשיות המתארות את חייהם של היהודים בארצות האסלאם. לצורך הבנת הדברים מספק המחבר לקורא אף רקע נרחב לתולדות האסלאם ושליטיו.
הספר מהווה מקור חשוב – ולעיתים יחיד – לקורות ישראל מתקופת גירוש ספרד ואילך, ואחד המקורות המהימנים אודות תולדות חכמי ישראל, בפרט חכמי מצרים בהם היה בקי היטב, אם מספריהם שהגיעו לידו ואם מצאצאיהם שחיו במצרים.
הספר עמד לעיני החיד"א שמזכירו בשם "קובץ כתיבת יד". החיד"א הסתייע בו לצורך כתיבת ספריו 'שם הגדולים' ו'ועד לחכמים'. אף רבי רפאל אהרן בן שמעון נעזר רבות באחד מליקוטי הספר לצורך כתיבת ספרו 'טוב מצרים' על תולדות רבני מצרים. בהקדמתו מתפעל הרב בן שמעון מעבודתו של רבי יוסף ומציין כי "דבר פלא גודל בקיאותו וידיעתו הרחבה".
חלקו הראשון של הספר, אותו קרא רבי יוסף 'דברי חכמים', עסק בקורות הימים מבריאת העולם ועד תקופת הסבוראים. חלק זה לא שרד, ובידינו נותר רק החלק השני של הספר, העוסק בקורות הימים מתקופת הסבוראים ועד זמן כתיבת הספר. אף מהחלק שבידינו חסרים מספר דפים, אשר נתלשו במכוון מכל כתבי היד, והם עוסקים בפרשת שבתי צבי. רישומם נותר רק במפתח העניינים שסידר המחבר בראש הספר.
במהלך המאה ה-19 עמדו החוקרים על חשיבותו של הספר כמקור היסטורי איכותי לחקר תולדות ישראל, ונעשו מאז שני ניסיונות לפרסמו בדפוס. החוקר והביבליוגרף אברהם נויבאואר שילב בספרו 'סדר החכמים וקורות דברי הימים' קטעים נבחרים מתוך הספר, אותם דלה מכתבי היד, בשם 'ליקוטים מדברי יוסף לר' יוסף בן יצחק סמברי'. הרב אברהם ברלינר פרסם אף הוא קטעים מתוך החיבור בשם "ליקוטים מספר דברי יוסף" (ברלין תרנ"ז).
הספר נדפס לראשונה במלואו בשנת תשנ"ד על ידי מכון יד בן צבי ובעריכת הפרופ' שמעון שטובר. בשנת תשע"א הוציא מכון אהבת שלום מהדורה נוספת של החיבור.
דברי יוסף - דברי ימי ישראל, גדולי הדורות, חיבוריהם וקורותם מכון אהבת שלום - יד שמואל פרנקו, תשע"א.
מרדכי גליס (עורך), אנציקלופדיה לתולדות גדולי ישראל, חלק ג עמ' 793–794.
מיכאל וינטר, 'היסטוריון יהודי בן המאה הי"ז', פעמים, 65, סתיו תשנ"ה, עמ' 154–156. על 'ספר דברי יוסף לרבי יוסף ב"ר יצחק סמברי: אלף ומאה שנות תולדה יהודית בצל האסלאם', מהדורת שמעון שטובר.
Martin Jacobs, "An Ex-Sabbatean’s Remorse? Sambari’s Polemics against Islam.” Jewish Quarterly Review 97, no. 3 (2007): 347-378
^לדעת הפרופ' שמעון שטובר שם משפחתו האמיתי של ר' יוסף הוא סמכרי, ואילו השם המקובל הוא שיבוש.
^ראו אודותיו בספר טוב מצרים, ערך "מהר"ר חנניה ברהון". ראו גם אסופות ז, עמ' שעו (אגרת נא).
^רפאל יוסף שימש במשרת שר הכספים תחת הפאשה העות'מאני קראקאש עלי, ששלט במצרים בשנות ה-70 של המאה ה-17. רפאל יוסף היה עשיר והרבה לתמוך בתלמידי חכמים ובמוסדות תורה. רבי יוסף מעטר אותו בתארים: "שר השרים ופאר הסגנים, תפארת חכמים ונזר החסידים".
^בספרייה זו השתמש גם רבי דוד קונפורטי לשם כתיבת ספרו 'קורא הדורות'. שני החכמים יצרו את חיבוריהם בזמן סמוך, ללא שידעו האחד על עבודתו של השני.