תיאודור הוסמך לרבנות בינואר 1878, בגיל עשרים ותשע ועבר לבויאנובו בשנת 1888 בו כיהן כרב של קהילה יהודית מצומצמת[2]
מצבת קברו של הרב יהודה תיאודור
בשנת 1890 הוא ביקר באוקספורד ובפריז בחיפוש אחר כתבי יד של המדרשים. כתב מספר מאמרים וחיבורים חשובים בנוגע לתולדות הספרות המדרשית וגירסותיהם.
חיבורו החשוב היה פרסום בשנת 1903 של 80 עמודים של תחילת מהדורה מדעית לבראשית רבה. בכך נפתח עידן חדש בחקר המדרשים. למהדורה הוסיף פירוש בשם "מנחת יהודה". את עבודתו זו לא הספיק לסיים והוא כתב את חיבורו זה עד פרשת תולדות. המשך עבודתו נעשה 20 שנה מאוחר יותר על ידי חנוך אלבק.
