נולד בשנת שמ"ח (1588) בקושטא לרבי יעקב. למד את תורתו מפיו של רבי אהרן ששון, מחבר ספר תורת אמת[2] וכיהן כדיין בקושטא[3]. היה בן דורו של המהרי"ט, שפנה לרבי חיים בשאלות בהלכה[4], וכן של רבי אברהם אליגרי, בעל ספר לב שמח על הרמב"ם, עמו התווכח "ויכוח גדול" כלשונו של החיד"א[5] בנושא סבלונות, המובא בספרו של רבי חיים[6]. התכתב גם עם רבי חייא רופא מחבר ספר בני חיי, שכותב לו תשובתו:
ובכן יישר כחך ודעתך ירבו בישראל כמותך וה' ישימך גאון עולם משוש דור ודור ישמח אביך ותגל יולדתך כנפש המושיבך באהלי אפדני קירות מורשי לבבי
— מעשה חייא, סימן א'
מעט מתשובותיו נדפסו על ידי נכדו, רבי חיים אלפאנדרי, בספר מגיד מראשית. כמו כן ישנה תשובה שכתב לבנו בשנת ה'שע"ט, המופיעה בספרו של האחרון, מוצל מאש[7].
בנו הצעיר הוא רבי יצחק רפאל, שהיה ”בן חיל במלחמתה של תורה, דבורו בנחת מסק"ל שני סלעי"ם ועקר טורי” (מגיד מראשית, דף נו עמוד א) ואביו של רבי חיים אלפאנדרי השני, מחבר ספר אש דת.
חיבוריו
כתב ספרים רבים, ונכדו רבי חיים מעיד כי בידו חיבורים רבים של סבו וביניהם שיטות על שישה סדרים, בפלפול עצום[3], ופסקי דינים רבים.
שו"ת מגיד מראשית (קושטא ת"ע).
לקריאה נוספת
שם הגדולים, מערכת גדולים אות ח, סימן יב, מהר"ר חיים אלפאנדרי הזקן.
שו"ת הסבא קדישא, חלק א', תולדות, עמוד ט'.
ארזי הלבנון אנציקלופדיה לגאוני ספרד, ח-י, עמוד 580.