בבחירות הכלליות שנערכו בהולנד ב-12 בספטמבר2012, זכתה מפלגתה שוב ואף הגדילה את כוחה בבית הנבחרים ל-41 מושבים. ראש ממשלת הולנדמארק רוטה מינה אותה לתפקיד שרת ההגנה. מינוי זה היה להיסטורי בהולנד, זאת מכיוון שהיא האישה הראשונה לכהן בתפקיד זה. עם כניסתה לתפקיד התפרסמה במשפט "זה לא משנה אם יש לך בולבול או לא", והכחישה את התפיסה כי לנשים יש דרך מסוימת לעסוק בפוליטיקה וכי הן חוות חוויה משותפת מעצם היותן נשים. "אני לא חושבת שקציני הצבא שאנחנו עובדות עמם מסתכלים עלינו באופן שונה מעל גבר", אמרה[1].
בשנת 2017 פרסמה "מועצת הבטיחות ההולנדית" דו"ח המדגיש כישלונות חמורים במשרד ההגנה סביב תקרית מרגמה במאלי. הניס-פלאסחארט הודיעה על התפטרותה לאחר דיון בבית הנבחרים ב-3 באוקטובר, ומסרה את התפטרותה למחרת.
חיים אישיים
הניס-פלאסחארט נשואה לאריק ג'אן-הניס ומתגוררים עם בנו מנישואים קודמים ב-Nederhorst den Berg (אנ').