בין השנים 2013 ל-2018 שיחקה הקבוצה בליגת ה-NWSL, ובעברה שיחקה גם בליגת ה-WPS.
היסטוריה
הקבוצה הוקמה בשנת 2008, ובתחילה שיחקה בליגת המשנה האמריקאית - הדבליו-ליג. בשנת 2011 הצטרפה הקבוצה לעונה השלישית של ליגת ה-WPS, והתחזקה בכוכבות כמו מרטה וכריסטין סינקלייר. השתיים הובילו את הקבוצה למקום הראשון בתום העונה הסדירה, ובסוף הפלייאוף גם לזכייה באליפות הליגה. סינקלייר אף נבחרה לשחקנית המצטיינת של משחק הגמר. ב-18 במאי2012 הודיעה הנהלת ה-WPS על פירוק הליגה בעקבות מחסור חמור במשאבים כלכליים - דבר שגרם לווסטרן ניו יורק פלאש להשעות את פעילותה.
מספר חודשים לאחר פירוק ה-WPS החליטה פדרציית הכדורגל של ארצות הברית על הקמת ליגה מקצוענית חדשה, ה-NWSL, ווסטרן ניו יורק פלאש נבחרה להיות אחת משמונה הקבוצות המייסדות. בעונתה הראשונה של הקבוצה בליגה היא סיימה במקום הראשון, אך הפסידה בגמר הפלייאוף לפורטלנד ת'ורנס. בשתי העונות הבאות של הקבוצה ב-NWSL, לא הצליחה הקבוצה להעפיל לפלייאוף, לאחר שסיימה פעמיים במקום השביעי.
