המועדון הוקם בשנת 1963, על ידי בני קיבוץ גבעת חיים יורם מנדלבאום וראובן שפע. מאז הקמתה הייתה לקבוצת צמרת וכבר בשנה הראשונה להקמתה זכתה באליפות המדינה בכדורמים. המועדון נוהל על ידי אנשי הקיבוץ, וכלל גם קבוצות נוער, נערים וילדים.
עד תחילת שנות ה-90 זכה המועדון להצלחות גדולות, שהפכו אותו למוביל בכדורמים הישראלי. שיאה של הקבוצה היה בסוף שנות ה-80 כשבמשך שלוש שנים (1987–1990) לא הפסידה אף משחק רשמי במסגרות מקומיות. המועדון זכה לאורך שנותיו ב-21 אליפויות ישראל, וב-18 גביעי מדינה, יותר מכל קבוצה ישראלית אחרת. כמו כן, הוא הגיע להישגים במפעלים בינלאומיים-המועדון הגיע למקום השני בגביע הים התיכון לאלופות ב-1986.
בשנים 1993 ו-1994 שבתה קבוצת הבוגרים מפעילות, היא חזרה לליגה ב-1995, ירדה לליגה השנייה ב-1998 ובשנת 1999 חזרה לליגה הראשונה.
בשנת 2008 התפרקה הקבוצה, ובשנת 2009 הוקמה הקבוצה מחדש בשם "הפועל גבעת חיים/עמק חפר".
בשנת 2011 חזרה קבוצת הבוגרים של האגודה לפעילות בליגה הארצית, ובשנת 2015 הקבוצה שבה לשחק בליגה הלאומית.
בעונת 2018/2019 קבוצת גיל ה-16 של המועדון זכתה בליגה הארצית והעפילה לליגה הלאומית בהנהגתו של נדב יגודה.
בתחילת עונת 2019/2020 חזר המאמן ושחקן גבעת חיים ונבחרת ישראל לשעבר, בני לנג הביתה ,על מנת להחזיר את גבעת חיים הגדולה.
תארים והשגים
אליפות ישראל (21): 1968, 1970, 1971, 1972, 1973, 1974, 1975 (ביחד עם ברית מכבים עתיד), 1977, 1978, 1979, 1981, 1982, 1983, 1984, 1985, 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1991[1]
גביע המדינה (18): 1966, 1967, 1968, 1971, 1972, 1973, 1979
מחלקת הנוער
למועדון המפואר מחלקת נוער גדולה המונה כ-100 שחקנים ושחקניות החל מגילי 12-ועד לגילי 18.
בעונת 2021/2022, לראשונה מאז הקמתה מחדש בשנת 2009, הגיעה קבוצת הנוער עד גיל 18 של המועדון לגמר אליפות המדינה, אך זאת הפסידה בהפרש של גול אחד לאלופה הפועל גוש זבולון.
במשך השנים עד לפירוק הקבוצה ב-2008 מחלקת הנוער של גבעת חיים היוותה חלק משמעותי מסגלי נבחרות הנוער של ישראל והייתה בין הקבוצות החזקות והשולטות בליגת הנוער.
המועדון מפעיל את בית הספר לשחייה. בית הספר פועל במשך כל השנה וקולט בנים ובנות בגילאי 5 - 12.
תוכנית האימונים בבית הספר לכדור מים כוללת אימוני שחייה המשולבים במשחקי כדור ומיומנויות משחק הכדור מים.
כמו בכל בית ספר לשחייה, לומדים הילדים את ארבעת סגנונות השחייה: חתירה, חזה, גב ופרפר ובנוסף משולבים משחקי כדור במים, כך על ידי שילוב של מיומנויות שחייה, פיתוח יכולות גופניות ושילוב משחקי כדור משיגים הילדים יכולת ספורטיבית רחבה, והכנתם לעולם הכדורמים.
