הקבוצה נוסדה בשנת 1963 ונרשמה בשם "הפועל אכסאל" בשנת 1966. בעונת 1979–1980 שיחקה בליגה ד' ואחרי שתי עונות העפילה לליגה ב'.
הקבוצה שיחקה לרוב בליגות הנמוכות של הכדורגל הישראלי. בעונת 1996–1995 העפילה הקבוצה לראשונה בתולדותיה לליגה א' אך הקבוצה נשרה חזרה לליגה ב אחרי עונה תוך שהיא עוברת עונה גרועה ללא אף ניצחון ליגה. בעונת 98–1997 שבה הקבוצה לליגה א ובעונת 1999–1998 היא סיימה במקום השלישי בליגה א' צפון והעפילה לליגה הארצית שהפכה לליגה השלישית עקב השינוי במבנה הליגות. שהותה בליגה הארצית החזיקה רק עונה בודדת, כאשר הם מסיימים במקום האחרון בליגה בעונת 1999–2000 עם שני ניצחונות בלבד מתוך 33 משחקים, מה שהוביל אותה לרדת בחזרה לליגה א'. בעונה החולפת הקבוצה סיימה אחרונה בליגה א' וירדה הפעם לליגה ב'.
בעונת 2008–2007 סיימה הקבוצה כסגנית האלופה של ליגה ב', מה שהקנה לה להגיע למבחני הפלייאוף להעפלה לליגה א'. למרות זאת, הקבוצה הורחקה ממשחקי הפלייאוף עקב ניסיון להטיית המשחק בינה לבין בית"ר חיפה. כתוצאה מכך, הקבוצה הוענשה בהפחתת 15 נקודות בעונה החולפת (מה שלבסוף הפך להפחתה של 17 נקודות).
בעונת 2001–2012 הקבוצה סיימה במקום השלישי בליגה ב' צפון והעפילה שוב פעם למבחני פלייאוף העלייה. לאחר שניצחו את מועדון ספורט צעירי טורעאן, הפועל אחי אכסאל והפועל כאוכב, הם פגשו את מכבי כפר כנא במשחק פלייאוף עלייה/ירידה. לאחר שוויון 1-1 בתום 120 דקות, המשחק הובל לפנדלים, שבו אכסאל הפסידה ונשארה בסופו של דבר בליגה ב'.
הקבוצה סיימה שוב במקום השלישי בעונת 15–2014, ובפעם הזו חוותה פלייאוף עלייה מוצלח. לאחר שניצחו את מכבי עין מאהל, הפועל דליית אל כרמל ומכבי עירוני עכו, הם פגשו את הפועל אסי גלבוע למשחק המכריע של פלייאוף העלייה/ירידה. אכסאל ניצחה במשחק זה 0–1 והעפילה לליגה א'.
בעונת 2017–2016 עברה אכסאל שלושה סיבובים בגביע המדינה כאשר היא גוברת על קבוצות כמו הפועל כפר כנא, מ.ס. טירה והפועל אסי גלבוע, אך נעצרה מול קבוצת ליגת העל, מ.ס. אשדוד, משחק שבתום 90 דקות נגמר בתוצאת שוויון 1-1, אך לאחר הארכה נגמר בתוצאה 1–3 לטובת אשדוד מצמד של בנצי מושל.
במהלך העונה התמודדה הקבוצה בצמרת הליגה, אך בעקבות הפסדים להפועל רובי שפירא חיפה ולהפועל חדרה, יריבותיה בצמרת, סיימה הקבוצה במקום השלישי המוביל לפלייאוף העלייה, במשחק חצי הגמר הודחה אכסאל לאחר הפסד 1–2 לעירוני טבריה. שנה לאחר מכן סיימה הקבוצה את העונה במקום הראשון בליגה והבטיחה את העפלתה לליגה הלאומית לראשונה בתולדותיה[1].
בעונת 2018/2019 הקבוצה לא הצליחה לשרוד בליגה הלאומית וירדה חזרה לליגה א' צפון מהמקום האחרון, עם שבעה ניצחונות ו-31 נקודות בלבד ב-37 משחקים.
הקבוצה לא קיבלה אישור מהבקרה התקציבית לקראת עונת 2021/2022, והורדה לליגה א'[2].
ב-29 במרץ2022 ספגה הקבוצה את התבוסה הגדולה בהיסטוריה שלה, 2–13 למ.ס צעירי כפר כנא, ובכך הקבוצה ירדה לליגה ב'. ב-6 באפריל קבע בית הדין לכדורגל שפעילות הקבוצה תופסק עד ל-31 ביולי 2022[3]. בעונת 2022/2023 הקבוצה פורקה[4].
