הנהגתה הפוליטית של גרמניה המזרחית הייתה בידיהם של מספר משרדים.

לפני הכרזתה של המדינה המזרח-גרמנית, ייסדו הסובייטים ב-1948 את "הקומיסיון הכלכלי הגרמני" אשר דה פקטו פעל כממשלה בשטח הכיבוש הסובייטי. יושב ראש הקומיסיון היה היינריך ראו (אנ').

ב-7 באוקטובר 1949 הוכרזה מדינה מזרח-גרמנית, "הרפובליקה הדמוקרטית הגרמנית", וייסדה מחדש רשות מבצעת משלה, ובכך ביטלה את הקומיסיון.

במשך רוב זמן קיומה, (עד סתיו 1989), המשרה החשובה ביותר ברפובליקה הדמוקרטית הגרמנית הייתה המזכיר הכללי של מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה (למשרה קראו "המזכיר הראשון" בין 1953–1976). המפלגה הקומוניסטית ומנהיגה החזיקו בסמכות וכוח מוחלט על הממשלה והמדינה.

ראש המדינה רשמית היה במקור "נשיא הרפובליקה הדמוקרטית הגרמנית". אך לאחר מותו של וילהלם פיק ב-1960, המשרד הפרסונלי הוחלף במשרד קולקטיבי, מועצת המדינה של גרמניה המזרחית. יושב ראש המועצה היה בדרך כלל מנהיג המפלגה.

הממשלה הונהגה על ידי מועצת השרים ויושב הראש שלה, שלעיתים נקרא ראש הממשלה.

מוסדות חשובים נוספים הם למשל הפולקסקאמר, שפגישותיו נוהלו על ידי נשיא הפולקסקאמר ומ-1960, מועצת ההגנה הלאומית, אשר שלטה ביד רמה על הכוחות המזוינים של גרמניה המזרחית. המועצה הורכבה מחברים אשר היו שייכים באופן בלעדי למפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה שהיו חברים בוועדה המרכזית והפוליטביורו של המפלגה. ראש המפלגה שירת כיושב ראש מועצת ההגנה הלאומית.

המרחב הפוליטי השתנה באופן מוחלט על ידי "המהפכה השקטה" בסוף 1989, שבה מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה נאלצה לוותר על המונופול שלה על הכח הפוליטי ועם זה בוטלו מועצת ההגנה הלאומית ומועצת המדינה. מוסדות המדינה הנותרים היו הפולקסקאמר, אשר ראשו היה ראש המדינה למשך המשך קיומה של גרמניה המזרחית, ומועצת השרים שעכשיו היו נתונים לתוצאות דמוקרטיות אמיתיות לפי הבחירות הדמוקרטיות הראשונות והיחידות בגרמניה המזרחית באוקטובר 1990. הרפובליקה הדמוקרטית הגרמנית התאחדה עם גרמניה המערבית ב-3 באוקטובר 1990.

מס'	דיוקן	שם	תחילת כהונה	סיום כהונה	משך כהונה
	המזכיר הכללי של הוועדה המרכזית
1		ולטר אולבריכט (1893–1973)	25 ביולי 1950	3 במאי 1971	20 שנה, 282 ימים
2		אריך הונקר (1912–1994)	3 במאי 1971	18 באוקטובר 1989	18 שנה, 168 ימים
3		אגון קרנץ (1937–)	18 באוקטובר 1989	6 בדצמבר 1989	49 ימים

מס'	דיוקן	שם	תחילת כהונה	סיום כהונה	משך כהונה	מפלגה
נשיא הרפובליקה
-		יוהאנס דיקמן	7 באוקטובר 1949	11 באוקטובר 1949	4 ימים	המפלגה הליברל-דמוקרטית של גרמניה
1		וילהלם פיק	11 באוקטובר 1949	7 בספטמבר 1960	10 שנים, 332 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
-		יוהאנס דיקמן	7 בספטמבר 1960	12 בספטמבר 1960	5 ימים	המפלגה הליברל-דמוקרטית של גרמניה
יושב ראש מועצת המדינה
1		ולטר אולבריכט	12 באפריל 1960	1 באוגוסט 1973	12 שנים, 323 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
-		פרידריך אברט הבן	1 באוגוסט 1973	3 באוקטובר 1973	63 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
2		וילי שטוף	3 באוקטובר 1973	29 באוקטובר 1976	3 שנים, 26 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
3		אריך הונקר	29 באוקטובר 1976	24 באוקטובר 1989	12 שנים, 354 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
4		אגון קרנץ	24 באוקטובר 1989	6 בדצמבר 1989	49 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
5		מנפרד גרלך	6 בדצמבר 1989	5 באפריל 1990	120 ימים	המפלגה הליברל-דמוקרטית של גרמניה
נשיא הפולקסקאמר
1		סבינה ברגמן-פול	5 באפריל 1990	2 באוקטובר 1990	180 ימים	האיחוד הנוצרי-דמוקרטי (גרמניה המזרחית)

מס'	דיוקן	שם	תחילת כהונה	סיום כהונה	משך כהונה	מפלגה
יושב ראש מועצת השרים
1		אוטו גרוטווהל	12 באוקטובר 1949	21 בספטמבר 1964	14 שנים, 345 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
2		וילי שטוף	21 בספטמבר 1964	3 באוקטובר 1973	9 שנים, 12 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
3		הורסט סינדרמן	3 באוקטובר 1973	29 באוקטובר 1976	3 שנים, 26 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
(2)		וילי שטוף	29 באוקטובר 1976	13 בנובמבר 1989	13 שנים, 15 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
4		הנס מודרו	13 בנובמבר 1989	12 באפריל 1990	150 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה, מפלגת הסוציאליזם הדמוקרטי
5		לוטר דה מזייר	12 באפריל 1990	2 באוקטובר 1990	173 ימים	האיחוד הנוצרי-דמוקרטי (גרמניה המזרחית)

מס'	דיוקן	שם	תחילת כהונה	סיום כהונה	משך כהונה	מפלגה
1		יוהאנס דיקמן	7 באוקטובר 1949	22 בפברואר 1969	19 שנים, 138 ימים	המפלגה הליברל-דמוקרטית של גרמניה
2		גראלד גוטינג	12 במאי 1969	29 באוקטובר 1976	7 שנים, 170 ימים	האיחוד הנוצרי-דמוקרטי (גרמניה המזרחית)
3		הורסט סינדרמן	29 באוקטובר 1976	13 בנובמבר 1989	13 שנים, 15 ימים	מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה
4		גונטר מלודה	13 בנובמבר 1989	5 באפריל 1990	143 ימים	מפלגת האיכרים הדמוקרטית של גרמניה
5		סבינה ברגמן-פול	5 באפריל 1990	2 באוקטובר 1990	180 ימים	האיחוד הנוצרי-דמוקרטי (גרמניה המזרחית)