חזית המבנה של הסניף הירושלמיהיכל המוזיאון בירושליםפתח הכניסה למכוןהמכון האפיפיורי למקרא בירושלים על רקע רחוב המלך דוד בצילום אוויר מ-1931המכון בשנות ה-30 של המאה ה-20
מטה המכון ובית הספר העיקרי נמצאים ב"פיאצה דלה פילוטה", ברומא בסמוך למבנה של האוניברסיטה האפיפיורית הגרגוריאנית, ומשנת 1927 יש לו סניף בירושלים.
הסניף בירושלים
תולדות המקום
בראשית המאה ה-20 הוחלט בוותיקן להקים מוסד נוסף ללימודי מקרא וארכאולוגיה בארץ ישראל, על מנת להוות בסיס ליציאה ללימודי ארכאולוגיה וגאוגרפיה של המזרח יחד עם שהות במקומות בהם חי ופעל ישו, וזאת בנוסף לבית הספר הצרפתי למקרא ולארכאולוגיה של המסדר הדומיניקני. המוסד החדש, הוא המכון האפיפיורי למקרא, הופקד בידי הישועים והוגדר כמכון שמרני, בניגוד לרוח המודרנית אליה נטה בית הספר למקרא ולארכאולוגיה. מבנה המכון נחנך בשנת 1927 על ידי האב אלכסיס מאלון.
כיום מציע הסניף בירושלים תוכניות אקדמיות יחד עם האוניברסיטה העברית, ללימודי עברית, תנ"ך, גאוגרפיה של ארץ ישראל ולימודי דת נוצרית ויוונית, באנגלית. תוכנית אחרת מוצעת בשיתוף פעולה על האקול ביבליק ומתמקדת בשפות שמיות וארכאולוגיה. בכל מחזור לומדים 25 - 30 סטודנטים מרחבי העולם.
המכון מתייחס ליהדות בכבוד ובהערכה. הסטודנטים לומדים תלמוד ובמכון מוצבת אנדרטה לזכר השואה, המורכבת משש דמויות ברונזה המהוות פמוטים לנרות, הניצבות על מגן דוד מרוסק ועליו מילות הקדיש "יתגדל ויתקדש שמה רבא".
מייסד המכון היה הכומר אלקסיס מאלון, שהיה ארכאולוג וניסה למצוא את סדום ועמורה. הוא חפר בעבר הירדן המזרחי באזור תוּלֵילַאת אל-עַ'סוּל כ-14 ק"מ מצפון-מזרח לים המלח, שם מצא חמש תלוליות עפר אותן דימה ל"חמש ערי הכיכר" המוזכרות בספר בראשית, פרק י"ט. הוא מצא שרידים חשובים של תרבות מן התקופה הכלקוליתית ובכלל זה ציור קיר מרשים שהועתק והוצב במכון. הקרמיקה הייחודית והשרידים הקשורים לאזור מגדירים את "התרבות הע'סולית" ואת תחילת התקופה הכלכוליתית בארץ ישראל.
לצורך אחסון ותצוגת הממצאים נבנה במקום מוזיאון קטן.
על אף שאין הוא נמנה עם החנוטים העתיקים ואין לו חשיבות מחקרית, מהווה "אלכס" (כינויו של החנוט) אטרקציה בהיותו המומיה היחידה בישראל הנגישה לקהל ומהווה את אוצרו העיקרי של המקום.
הקומה הראשונה פתוחה לקהל המבקרים ומכילה כנסייה, מוזיאון וספרייה. שתי הקומות הנוספות משמשות למגורי סטודנטים ואנשי סגל. הסטודנטים לומדים באוניברסיטה העברית. בעוד המכון מעניק להם מגורים ומתקיימים בו קורסים לעברית ולדת ופעילות דתית וחברתית.
