המוזיאון נוסד ביוזמתו של הארכאולוג האיטלקי ג'וזפה בוטי (Giuseppe Botti). הוא נחנך ב-17 באוקטובר 1892 על ידי הח'דיועבאס חלמי השני שהיה הח'דיו האחרון של מצרים. מקומו הראשון היה בדירת 5 חדרים בבניין קטן ברחוב "רוזטה" (שלאחר מכן שונה שמו לחוריה). בשנת 1895 הועבר המבנה לבניין גדול ליד רחוב שנודע לאחר מכן בשם רחוב גמאל עבד אל נאצר. בתחילה הכיל המוזיאון 11 חדרים המהווים את אגפו המערבי. מאוחר יותר נבנו תוספות לבניין שעצבו את מראהו הנוכחי.[1] מבנה המוזיאון הוא מבנה היסטורי שבחזיתו ששה עמודים וגמלון עליו נמצאת כתובת גדולה ביוונית MOYΣEION. בתוך המבנה 27 אולמות וגינה פנימית שבה מוצגים פסלים מאוסף מהמוזיאון.
המוזיאון נסגר לשיפוצים בשנת 2008 כשמטרתם היא לארגן את אוסף המוזיאון בסדר כרונולוגי, נכון לינואר 2013 המוזיאון עדיין סגור.
אוסף המוזיאון
אוסף המוזיאון כולל אלפי פריטים שמקורם בתרומות של אזרחים עשירים של העיר אלכסנדריה וכן חפירות ארכאולוגיות שאורגנו ונוהלו על ידי מנהלי המוזיאון. פריטים אחרים התקבלו מארגונים בקהיר העוסקים בעתיקות במיוחד אלה מהתקופה הפרעונית. וכן מחפירות ארכאולוגיות שנערכו בתחילת המאה ה-20 באזור פיום.
בין המוצגים במוזיאון מספר פריטים חשובים מהמאה ה-3 לפנה"ס כגון פסל גדול של האל אפיס השור שהיה מקודש על המצרים בעת העתיקה, מאבן גרניט שחורה שנמצא באלכסנדריה ומתוארך לשנים 117–138 לספירה. פסל גדול של האל הורוס כבז, פסל של תלמי השנים עשר שנמצא בפיום, מומיות, סרקופגים ושטיחים וממצאים נוספים המאירים את התרבות היוונית-רומית בהקשר של מצרים העתיקה.