האסטרואיד איטוקאווה נע במסלול אקסצנטרי סביב השמש: בנקודה הקרובה ביותר לשמש (פרהיליון) הוא נמצא במרחק 0.953 יחידות אסטרונומיות ובנקודה הרחוקה ביותר (אפהיליון) הוא נמצא במרחק 1.6947 יחידות אסטרונומיות מהשמש. בכך הוא חוצה את מסלול כדור הארץ (שהוא, כהגדרה, יחידה אסטרונומית אחת).
ב-12 בספטמבר2005 הגיעה היאבוסה לאסטרואיד איטוקאווה במרחק 20 קילומטרים. בצילומים שצילמה נראו אזורים של גבעות וכן שטח מישורי, שעליו היא תנסה לנחות. ב-12 בנובמבר היאבוסה התקרבה למרחק של 55 מטר מהאסטרואיד על מנת לשחרר נחתת זעירה (במשקל של 591 גרם) בשם מינרווה (על שם האלה הרומית מינרווה), שנועדה לקפץ על גבי האסטרואיד ולחקור אותו. עקב תקלה הגשושית התרחקה מהאסטרואיד והנחתת שוחררה ממרחק גדול מדי ופספסה את האסטרואיד.[2]
ב-21 בנובמבר 2005 נחתה הגשושית על האסטרואיד, שהתה על פניו חצי שעה אך לא הצליחה להפעיל מנגנון ירייה על פני הקרקע שאמור היה לגרום לאבק לעלות למכשירי האיסוף שעליה, והיא המריאה שוב למסלול חניה. ב-26 בנובמבר 2005 הגשושית נחתה שנית על האסטרואיד ולמרות שמנגנון הירייה נכשל שוב, הגשושית כן הצליחה לאסוף דגימות מזעריות של אבק, שנכנס למכשירי האיסוף בעקבות הנחיתה עצמה.
מפעילי הגשושית לא היו בטוחים באותו זמן אם אכן נאסף אבק כלשהו. לפי התכנון המקורי, בקיץ 2007 הייתה אמורה קפסולה ובה הדגימה לצנוח על כדור הארץ ולפתור את החידה, האם היא אספה דגימה אם לאו. אך עקב תקלות נוספות, לרבות נתקי תקשורת עם הגשושית, שנפתרו במהלך שנת 2006, הגשושית החמיצה את חלון הטיסה שלה לכדור הארץ ולפיכך נאלצו אנשי סוכנות החלל היפנית להציב אותה במסלול הקפה נוסף סביב השמש, ולהחזירה לכדור הארץ רק ביוני 2010. ב-13 ביוני נחתה הקפסולה באזור צבאי סגור באוסטרליה הדרומית, משם נשלחה ליפן.
בבדיקת הדגימה שהוחזרה, התברר כי הגשושית אכן הצליחה לאסוף מעט אבק מהאסטרואיד. בחינת כ-1,500 גרגירי אבק מהדגימה שנאספה גילתה כי מקורם באופן וודאי מהאסטרואיד איטוקאווה.[3] מניתוח הדגימה החוקרים שיערו כי האסטרואיד היה בעבר חלק מאסטרואיד גדול יותר, וכי האבק שנאסף היה מונח על פני הקרקע שלו במשך שמונה מיליון שנים.[4]