ב-1605[2] פנו למועצת העיר הארלם סוחרים מפורטוגל שהתיישבו באמסטרדם וביקשו בשם בני משפחותיהם בפורטוגל, איטליהוטורקיה רשות לבוא לגור בהארלם ולקיים שם את דתם באופן חופשי וגלוי, כמו שאפשרו ליהודים בעיר אלקמאר. לאחר דיונים הוחלט ב-16 בנובמבר 1605 לאפשר ליהודים לקיים את הדת באופן חופשי וגלוי, למנות שוחט ולהחזיק בית קברות משלהם. בניית בית כנסת תאופשר להם רק כשתגורנה בעיר 50 משפחות אמידות. מותר היה להם לגור בכל חלקי העיר וללבוש איזה בגדים שרצו. מועצת העיר קיוותה שזה יעורר את חיי המסחר בעיר, מה שלא קרה כי כנראה היהודים רצו באמת להפעיל לחץ על עיריית אמסטרדם ששם רצו לגור. ב-1633-1634 כשל גם ניסיונם של יהודים פורטוגלים להקים בעיר תעשיית צמר. בכל זאת נרשם כי מדי פעם גרו יהודים בעיר כמו יוחנן דה ליסו (דה ליאו). על פי בקשת הגילדה המקומית ב־1661 נאסר על יהודים לעסוק במסחר של זהבוכסף.
ב־1705 קיבל איזק ישראלס רשות לגור בעיר. בשנת - 1742 פתח סמסון אברהמס מהמבורג בית ספר יהודי בהארלם. ב־1756 נחנך בית הכנסת הראשון בהארלם על ידי החתן של איזק ישראלס בבית מגורים. ב-1765 נפתח בית כנסת בכיכר Goudsmidspleintje עם קומת מגורים מעליו ששירת את הקהילה עד 1840.[3] ב-1765 קיבלו רישיון להקים משחטה כשרה.
הולנד נכבשה בידי גרמניה במאי 1940, אולם בתחילה היהודים לא סבלו מהתנכלות מיוחדת. אחרי שביתת הפועלים ההולנדיים בפברואר 1941, מונה המנהל האזורי של הנאצים ההולנדים ש.ל.א. פלאקקאר שכבר בסוף מרץ מוציא צו האוסר על יהודים לבקר במקומות ציבוריים - מלונות, מסעדות, בתי קפה, בתי קולנוע, תיאטרון, ספריות, חדרי ועידה, בריכות שחיה וכדומה. כמו כן נאסר על יהודים לעבור לגור בהארלם, ועל יהודים מקומיים נאסר לשנות את מקום מגוריהם בעיר. זה היה המקום הראשון בהולנד שבו יצאו תקנות כאלו. אחרי סילוק היהודים ממערכת החינוך הכללית, נפתחו בהארלם בית ספר עממי ותיכון יהודיים ברחוב סחאובורך (Schouwburgstraat). בסוף שנת 1941 הוקם בהארלם סניף של המועצה המיעצת היהודית בראש המועצה מונה הרב הראשי פרנק.
ב-12 ו-19בפברואר 1943 הודיעו שלטונות הכיבוש על גירוש היהודים מהארלם, המסטדה ובלומנדל לאמסטרדם. על פי המידע היו עוד 619 יהודים בהארלם וסביבתה. התוכנית בוצעה בפברואר ובמרץ. בסביבות הארלם הסתתרו הרבה יהודים. בין המסתירים היו הסוציאל-דמוקרט יקוב ין המלינק (Jacob Jan Hamelink) שעזר ליהודים כבר מ-1942. השענית קורי טן בוםחסידת אומות העולם[4] הסתירה בביתה שהיה תחנת מעבר לכתובות מסתור קבועות לפחות כ-80 יהודים. בסוף פברואר 1944, נתפסה יחד עם אביה קספר ואחותה בטסי. הם גורשו למחנה ראוונסברוק ורק היא שרדה.
^Jozeph Michman, Hartog Beem, Dan Michman, תרגום: Ruben Verhasselt, Haarlem , Noord -Holland Het periode van de Repuliek, PINKAS Geschiedenis van de Joodse Gemeenschap in Nederland, 1999, Amsterdam: CONTACT, 1985, פנקס הקהילות, עמ' 404, ISBN 9025495133. (בהולנדית)
^Haarlem, JOODSAMSTERDAM Joodse Sporen in Amsterdam en omgeving, 8/2/2018 (בהולנדית)