לפני הפלישה הנאצית לברית המועצות התגוררו בעיר חרקיב כ-135 אלף יהודים. עם התקרבות הצבא הגרמני לעיר, עזבו מרבית היהודים את חרקיב והתפנו מזרחה. לפי הערכות שונות, בעת כיבוש העיר ב-24 באוקטובר 1941, נותרו בה כ-11,000 יהודים.
ב-14 בדצמבר פרסם המושל הצבאי של העיר, גנרל פוטקמר, פקודה ליהודי העיר לעזוב את בתיהם ולהתייצב ליד המפעל לייצור טרקטורים בעיר. בקרבת המפעל נותרו צריפים זמניים, בהם התגוררו הפועלים שבנו את המפעל. במתחם הצריפים הוקם גטו ליהודי העיר. כל יום הוצאו מהגטו כ-200-300 יהודים. הם הובלו לדרוביצקי יאר ושם הוצאו להורג ביריות. כבר בתחילת פברואר 1942 חדל הגטו מלהתקיים – כל יושביו הוצאו להורג ביאר.
גם לאחר חיסול הגטו נמשכו מעשי הרצח בדרוביצקי יאר – הנאצים הרגו בו שבויי מלחמהסובייטים וחולים מבתי חולים פסיכיאטריים. לפי הערכת ההיסטוריונים הסובייטים, במהלך המלחמה נרצחו בדרוביצקי יאר 16-20 אלף בני אדם – יותר ממחצית מהנרצחים היו יהודים.
הנצחת זכר הנספים
בשנת 1954, לאחר מאבק ארוך, התירו השלטונות הסובייטים לחברי הקהילה היהודית להקים במקום לוח זיכרון. לפי דרישת השלטונות על הלוח נחרט כי הוא הוקם לזכר קורבנות הנאצים. אבל נאסר לציין כי רוב הנרצחים היו יהודים.
לאחר התפרקות ברית המועצות וכינון אוקראינה העצמאית החליטה עיריית חרקיב (בלחץ הקהילה היהודית) להקים במקום אתר הנצחה. בשנת 1994 התקיים טקס הנחת אבן פינה לאתר, בנוכחותם של ראש העיר וראשי הקהילה היהודית של חרקיב. עבודות לבניית האתר הופסקו בשנת 1995, בשל בעיות כספיות. העבודות התחדשו בשנת 2000. ב-13 בדצמבר2002 הסתיים השלב הראשון בבניית האתר - הקמת אנדרטת הזיכרון הראשית ואנדרטה בצורת מנורה, לזכר היהודים שנרצחו במקום. באוגוסט 2005 הושלמה בניית האתר לאחר הקמת אולם זיכרון ובו לוחות עם שמות הנספים.