בתקופת שלטונו חיזק את כוחה הפוליטי של מפלגתו, "האיחוד הלאומי האפריקני של קניה" (KANU), אשר הייתה המפלגה הדומיננטית בקניה מאז זכתה לעצמאות ב-1963. בעוד שתחת שלטונו של נשיאה הקודם של קניה ג'ומו קניאטה (נשיא: 1978-1964, ראש ממשלה: 1963) מפלגה זו שיחקה תפקיד משני בלבד בפוליטיקה הקנייתית, הרי שתחת שלטונו של מוי רוכז הכח המדיני בידי המפלגה, אשר נוצלה על ידו לשם ניטור והשתקה של גורמים אופוזיציוניים. ב-1982 אף הנהיג במדינה משטר חד-מפלגתי בכך שהעביר חוק שאסר על השתתפותן של מפלגות מתחרות בבחירות. ב-1991 נאלץ לבטל חוק זה בשל לחץ של גורמים מבית ומחוץ.[1] לכל אורך שלטונו, הנהיג מוי משטר עריצי, תוך הפעלת כלי דיכוי מגוונים כמו: צנזורה של אמצעי התקשורת המקומיים והזרים, סגירת אוניברסיטאות, מעצר של מתנגדים ללא משפט ועוד.[2] בבחירות של 2002 לא השתתף בשל חוק המגביל את מספר הקדנציות המותרות לנשיא. לאחר בחירות אלו, מפלגתו, לראשונה מאז עצמאותה של קניה, פינתה את מקומה למפלגת "קואליציית הקשת הלאומי" (NARC), ואת משרת הנשיא תפס מוואי קיבאקי.
