פופוב החל לשחק כדורגל שלו במחלקת הנוער של שיניק ירוסלבל, וכשהיה בן 17 עלה לקבוצה הבוגרת של המועדון, ששיחקה אז בליגת המשנה הסובייטית. פופוב שיחק בשיניק בשני תפקידים - חלוץ וקשר התקפי, ובשנת 1987 תפס מקום קבוע בהרכב הקבוצה. בשנת 1989 חתם בספרטק מוסקבה, קבוצת הצמרת של ליגת העל הסובייטית. מאמן ספרטק, אולג רומנצב, החליט לשנות את תפקידו של פופוב על המגרש, ומיקם אותו כקשר צד, עמדה בה שיחק מאז במשך כל הקריירה. פופב היה חלק מההרכב הקבוע של ספרטק בשנים 1990–1993. עם הקבוצה זכה פעמיים באליפות רוסיה ופעם אחת בגביע, והגיע עמה עד לשלב חצי הגמר של גביע אירופה לאלופות בשנת 1991.
בשנת 1993 מכרה ספרטק את כרטיס השחקן שלו לקבוצת ראסינג סנטנדר שעלתה אז לליגה הספרדית הבכירה. פופוב שיחק בשורות הקבוצה במשך 3 שנים. לקראת סוף עונת 1995/1996 נפצע באחד המשחקים ולמעשה סיים את העונה. הפציעה הזו הביאה את הנהלת ראסינג להחלטה לא לחדש את חוזה של פופוב בתום העונה. הוא עבר לקבוצת קומפוסטלה מהליגה הספרדית השלישית, במדיה חתם לשלוש שנים.
לקראת עונת 1999/2000 הגיע פופוב לישראל וחתם בקבוצת מכבי תל אביב. כעבור ארבעה חודשים עזב את המועדון, שב לספרד וסיים את העונה בקבוצת טולדו. בקיץ 2000 פרש ממשחק פעיל.
נבחרת לאומית
פופוב זומן לנבחרת חבר העמים שהוקמה לקראת יורו 1992 בעקבות התפרקות ברית המועצות, אך לא הצליח להשתתף במשחקי הנבחרת לאחר שבאחד ממשחקי הליגה הוא שבר רגל. לאחר שהחלים מהפציעה זומן לנבחרת רוסיה משחקו הראשון במדי הנבחרת היה משחק ידידות מול מקסיקו, בו גם הבקיע את שער הבכורה שלו בנבחרת. פופוב היה בסגל נבחרת רוסיה למונדיאל 1994, ושותף במשחק אחד בלבד, מול שוודיה, בו הוא הוחלף כבר בדקה ה-41. פופוב היה אמור להשתתף ביורו 1996, אך כמה חודשים לפני כן נפצע והחמיץ את התחרות.
