מינואר 1987 עד ינואר 1995 היה קורטני חבר בית הנבחרים המדינתי של קונטיקט מטעם מחוז הבחירה ה-56. הוא היה יושב ראש הוועדה לבריאות הציבור ושירותי האנוש, ופיקח על "מועצת הפס הכחול לביטוח בריאות אוניברסלי" (Blue Ribbon Commission on Universal Health Insurance). בשנת 1994 הוא זכה לאות כבוד על ידי "מגזין קונטיקט" על מאמציו הדו-מפלגתיים בבית המחוקקים של המדינה. בשנת 1998, לאחר ארבע שנות כהונה, התמודד קורטני אל תפקיד סגן מושל קונטיקט אך ללא הועיל. בשנת 2002 התמודד אל הקונגרס האמריקאי נגד רוב סימונס (אנ'), נציג מחוז הקונגרס השני של קונטיקט בבית הנבחרים של ארצות הברית. קורטני לא הודיע על מועמדותו או גייס כספים עד לספטמבר 2001, ובאותה נקודת זמן מימן סימונס את מסע הבחירות שלו בתרומות בנות יותר מחצי מיליון דולר אמריקני. ביום הבחירות הכלליות בנובמבר גבר סימונס על קורטני עם 54% מהקולות.
בבחירות אמצע הכהונה ב-2006 התמודד קורטני בשנית אל בית הנבחרים מול סימונס, ופרשנים פוליטיים העריכו כי המירוץ בין השניים יהא הפעם צמוד. קורטני הוכרז כזוכה ביום הבחירות, וספירת הקולות הראשונית הצביעה על יתרון צר בן 167 קולות, מתוך למעלה מ-242,000 קולות. על פי החוק בקונטיקט, המירוץ עבר סריקה אוטומטית מחודשת של הקולות מכיוון שהפרש הניצחון היו פחות מחצי אחוז. עם סיום הספירה מחדש ב-14 בנובמבר נקבע כי קורטני קיבל 91 קולות יותר מסימונס[3]. מאוחר יותר פורסם בעיתון "וושינגטון פוסט" כי הפער בין קורטני לסימונס נאמד ב-83 קולות בלבד. הייתה זו מערכת הבחירות לקונגרס הצמודה ביותר בשנת 2006.
לאחר שצפה בסרט הקולנוע "לינקולן" בבימויו של סטיבן ספילברג, כתב קורטני מכתב לבמאי וציין כי על אף שהסרט הראה כי חברי בית הנבחרים מקונטיקט הצביעו נגד התיקון ה-13 לחוקת ארצות הברית שביטל את העבדות בארצות הברית, למעשה כל משלחת המדינה לקונגרס תמכה בתיקון. הוא ביקש מספילברג הכרה כלשהי בשגיאה, אולי בגרסת הסרט ב-DVD, באומרו: ”חשוב שאנשים אשר צפו בסרט יהיו מודעים לכך שאיבדנו חיילים בקונטיקט, שהיינו תומכים נחרצים של לינקולן בשתי מערכות הבחירות שלו, ובמקרה של הדמוקרטי מניו הייבן למעשה הוא הצביע נגד מפלגתו שתמכה בתיקון [...] באופן אישי אני חש כי השם הטוב של המדינה הוכתם במעט[7].” לדברי וושינגטון פוסט, הביקורת של קורטני הטיבה עמו במדינת ביתו קונטיקט, שם היא עוררה את כתיבתם של מספר מאמרי מערכת אסירי-תודה בעיתונים המקומיים, אך בד בבד הועלו תהיות שמא עיתוי הביקורת שכן הסרט עמד לבחירה בטקס פרסי אוסקר ה-85. בוושינגטון פוסט ציינו כי "לקורטני היה חוב עבור בן אפלק", שקידם את מסע הבחירות של קורטני וסרטו "ארגו" התחרה מול "לינקולן" בקטגוריית פרס אוסקר לסרט הטוב ביותר[8].