בתקופת מלחמת העולם השנייה הצליחו גרוסקורט והאבמן למצוא עבודה בבית חולים בברלין, בזכות מענקי מחקר שקיבלו. המעבדה בה עבדו הפכה למקום מפגש למתנגדי המשטר הנאצי בקרב עובדי בית החולים.
גרוסקורט הפך לרופא פרטי של בכירים במפלגה הנאצית, בהם רודולף הס ואחיו אדולף, והקשר עמם סייע לו להשיג מידע שאותו העביר למחתרת. בשנת 1943 ייסדו השניים עם האדריכל הרברט ריכטר ורופא השיניים פאול רנץ' קבוצת מחתרת בשם "האיחוד האירופי" שפעלה להצלת יהודים. בשיא פעילותה מנתה הקבוצה כחמישים חברים גרמניים.
חברי הקבוצה יצרו קשר עם שבויי מלחמה ועם עובדי כפייה באזור ברלין, וסיפקו מזון ליהודים וכן מסמכים מזויפים כדי לאפשר להם לחיות בזהות שאולה של בני הגזע הארי. בין יתר פעולותיהם, הסתירו גרוסקורט ואשתו אנליזה את היהודיה אליזבת פון שבן (לבית ויידנריך) בביתם למשך שלושה שבועות וכן נתנו לה מסמכים מזויפים.
הגסטפו גילה את פעולות הקבוצה, ובתחילת ספטמבר 1943 עצר את חבריה, בהם בני הזוג גרוסקורט ורנץ', רוברט האבמן והרברט ריכטר. אנליזה גרוסקורט ומרגרט רנץ' שוחררו לאחר חודשיים. גאורג גרוסקורט, רוברט האבמן, פאול רנץ' והרברט ריכטר נדונו למוות על ידי בית הדין העממי בברלין ב-16 בדצמבר 1943. האשמה הייתה - בגידה במדינה וסיוע ליהודים.
גאורג גרוסקורט, פאול רנץ' והרברט ריכטר הוצאו להורג בכלא ברנדנבורג (אנ') ב-8 במאי1944. לפני שנורה כתב גרוסקורט לאשתו: "חשבי על כך שאנו מתים למען עתיד טוב יותר, לטובת חיים ללא שנאה לזולת. אני אוהב מאוד אנשים, ובוודאי הייתי עושה טוב יותר."
כל היהודים שגרוסקורט וחבריו ניסו להציל נספו בשואה, מלבד אליזבת פון שבן, ששרדה באושוויץ.
הכרה והנצחה
לוחית זיכרון לגאורג גרוסקורט בבית החולים בברלין, בו עבדאבן מצבה לזכר גאורג גרוסקורט בבית הקברות באונטרהאון
בשנת 2005 הכיר יד ושם בגאורג גרוסקורט בתור חסיד אומות העולם. גם עמיתיו לניסיונות ההצלה, אנליזה גרוסקורט, פאול רנץ' והרברט ריכטר, הוכרו בתואר זה באותה שנה.
סיפורם של בני הזוג גרוסקורט הונצח בספר "השנה שלי בתור רוצח" (Mein Jahr als Mörder) שכתב הסופר הגרמני פרידריך כריסטיאן דליוס (אנ') בשנת 2004, ספר המשלב מוטיבים ביוגרפיים ברומן פשע.
