במהלך מלחמת העולם הראשונה, שירת שנתיים בצבא האמריקאי ולאחריהן חזר להשלים את לימודיו בסינסינטי.
בשנת 1920, קיבל הסמכה רבנית והתקבל לסגל המרצים בהיברו יוניון קולג', שם לימד היסטוריה מקראית.[3]
בשנת 1922 החל מרכוס ללמוד תולדות ישראל בברלין עם יצחק משה אלבוגן שהעניק לו בשנת 1925 את תואר דוקטור לפילוסופיה. באותה השנה, נישא מרכוס לאנטונט ברודי בפריס.
בשנת 1926, לאחר שנת לימודים מקוצרת באוניברסיטה העברית, חזר מרכוס להיברו יוניון קולג', שם שימש כמרצה עד לשנת 1995.
בשנת 1959 קיבל תואר פרופסור ע"ש אדולף אוקס לתולדות העם היהודי-אמריקאי.
בשנת 1965 התמנה ליושב ראש מכון מילטון והאטי כץ לתולדות העם היהודי-אמריקאי בהיברו יוניון קולג'.
מרכוס הקדיש את רוב עבודתו ההיסטורית לאחר מלחמת העולם השנייה לחקר תולדות העם היהודי-אמריקאי וייסד בשנת 1947 את הארכיון היהודי-האמריקאי בסינסינטי בקמפוס ההיברו יוניון קולג'.[4] מרכוס נודע בעיקר בשל עבודתו המפורסמת בנושא תולדות יהודי אירופה בימי הביניים. ספרו '"היהודי בעולם ימי הביניים ספר מקור 315–1791", ראה אור לראשונה בשנת 1938[5].
נפטר ב-14 בנובמבר 1995 בסינסינטי, אוהיו, ארצות הברית, בגיל 99.[2]
The Rise and Destiny of the German Jew. Cincinnati: Union of American Hebrew Congregations, 1934.
The Jew in the Medieval World: A Source Book, 315-1791. Cincinnati: Union of American Hebrew Congregations, 1938.
Communal Sick-Care in the German Ghetto. Cincinnati: The Hebrew Union College Press, 1947
Early American Jewry, Volume 1: The Jews of New York, New England, and Canada, 1649-1794. Philadelphia: Jewish Publication Society of America, 1951.
Early American Jewry, Volume 2: The Jews of Pennsylvania and the South, 1655-1790. Philadelphia: Jewish Publication Society of America, 1953.
On Love, Marriage, Children...and Death, Too: Intimate Glimpses into the Lives of American Jews in a Bygone Age as * Told in Their Own Words. Cincinnati: Society of Jewish Bibliophiles, 1964.
Studies in American Jewish History: Studies and Addresses. Cincinnati: The Hebrew Union College Press, 1969.
The Colonial American Jew, 1492-1776: Volume I, II, and III. Detroit: Wayne State UP, 1970
Israel Jacobson: The Founder of the Reform Movement in Judaism. Cincinnati: The Hebrew Union College Press, 1972.
The American Jewish Woman, A Documentary History. Hoboken, NJ: Ktav 1981.
To Count a People: American Jewish Population Data, 1585 — 1984. Lanham, MD: UP of America, 1990.
United States Jewry 1776–1985. Vol. 1: The Sephardic Period Detroit: Wayne State University Press, 1989. 820 pp.
United States Jewry 1776–1985. Vol. 2: The Germanic Period. Detroit: Wayne State University Press, 1991. 419 pp.
United States Jewry 1776–1985. Vol. 3: The Germanic Period, Part 2. Detroit: Wayne State University Press, 1993. 925 pp.
United States Jewry 1776–1985. Vol. 4: The East European Period: The Emergence of the American Jew; Epilogue. Detroit: Wayne State University Press, 1993. 955 pp.
לקריאה נוספת
Butler, Jon. "Jacob Rader Marcus and the Revival of Early American History, 1930-1960." American Jewish Archives 50#1/2 (1998): 28-39 באינטרנט
Rischin, Moses. "Review essay" American Jewish History (1997) 85#2 pp 174-180
Sussman, Lance J. "'Historian of the Jewish People': A Historiographical Reevaluation of the Writings of Jacob R. Marcus." American Jewish Archives 50.1/2 (1998): 10-21 באינטרנט
