בעונת 2006/2007, עונתו הראשונה במדי הלייקרס, פארמר מיעט לקבל דקות משחק. הרכז הראשון באותה עונה בשורות הלייקרס היה סמוש פארקר. במהלך עונה זו הוא קבע תקדים היסטורי כאשר שיחק בשתי קבוצות שונות באותו יום: ב-1 באפריל2007 שיחק הן במדי קבוצה מה-NBDL, והן במדי הלייקרס מאוחר יותר באותו היום - דבר שלא קרה קודם לכן. במהלך עונה זו קלע פארמר 4.4 נקודות בממוצע למשחק. בקיץ 2006 השתתף במחנה קיץ של ארגון זרעים של שלום, ושנתיים לאחר שזכה להצלחה בליגת ה-NBA, השתתף במחנה של נוער ישראלי ופלסטיני בישראל.[1]
בעונת 2007/2008, קיבל יותר דקות משחק והשתלב ברוטציה של הקבוצה. במהלך עונה זו הוא זכה עם הלייקרס באליפות המערב, בדרך להגעה לגמר ה-NBA שם הפסידה הקבוצה לבוסטון סלטיקס 2-4 בסדרה. במהלך עונה זו ממוצעיו של פארמר עמדו על 9.1 נקודות, 2.3 אסיסטים ו-2.7 ריבאונדים.
פארמר הפגין יכולת טובה בחודשיים הראשונים של עונת 2008/2009 כאשר קלע 7.9 נקודות ב-20 דקות בממוצע למשחק, אך נפצע במשחק מול מיאמי היט ב-20 בדצמבר2008, ועקב כך נעדר לתקופה ארוכה. הוא סיים את העונה עם זכייה עם הלוס אנג'לס לייקרס באליפות ה-NBA הראשונה שלו, לאחר ניצחון בגמר על אורלנדו מג'יק. גם בעונת 2009/2010 זכה פארמר באליפות NBA במדי הלייקרס, כאשר העמיד ממוצעים של 7.2 נקודות ו-1.5 אסיסטים ב-18 דקות בממוצע.
בעונת 2010/2011 עבר פארמר לניו ג'רזי נטס וחתם ל-3 שנים בקבוצה תמורת 12 מיליון דולר, ושם מספר דקות המשחק של ג'ורדן פארמר עלו משמעותית ליותר מ-25 דקות למשחק, וכך גם כמות הנקודות – 9.6 נק' למשחק והאסיסטים – חמישה אסיסטים למשחק.
בעקבות השביתה ב-NBA לפני תחילת עונת 2011/2012, חתם פארמר במכבי תל אביב.[2] במהלך תקופתו הקצרה בישראל הפגין פארמר יכולת משחק משובחת שלאחריה חזר לניו ג'רזי. ב-3 ביולי הוא הועבר בטרייד לאטלנטה הוקס כחלק מעסקת ג'ו ג'ונסון.[3] מספר ימים לאחר ביצוע הטרייד ביקש פארמר מהנהלת ההוקס לבצע Buy-Out על חוזהו בקבוצה ולהשתחרר ממנה כדי לחתום בקבוצת אנאדולו אפס הטורקית שהתעניינה בשירותיו.
ביולי 2015 חתם לעונה אחת במכבי תל אביב עם אופציה לעונה נוספת.[5] ב-10 בינואר 2016 שוחרר מהקבוצה[6] וכחודשיים וחצי לאחר מכן חזר ל-NBA וחתם בממפיס גריזליס.[7]