חמיש פרסם מספר רב של ספרים, חלקם הופיעו בעברית ובאנגלית וכן תורגמו לשפות נוספות, ביניהן רוסית ולערבית.
אחד מספריו הוא "מי רצח את יצחק רבין" שפורסם בהוצאת גפן, שם העלה שאלות שכפרו בגרסה הרשמית לרצח, ואשר, לטענתו, איש לא הצליח לתת להן מענה. לפי התאוריה של חמיש, הגוף המוכר בשם "המועצה לקשרי חוץ (CFR)" (אנ'), בו חברים אישים חזקים מאוד בכל העולם, עומד מאחורי התכנון והביצוע של הרצח.[8]
חלק מספריו, בפרט אלו שעוסקים בקשר לכאורה בין השבתאות והציונות החילונית, מבוססים על עבודותיו של הרב והוגה תאוריות הקשר האמריקני מרווין (משה שלמה) אנטלמן, וכמו כן, מרבה חמיש לצטט אותו במאמריו.
ספריו שהופיעו בעברית:
מי רצח את יצחק רבין?, הוצאת גפן, ירושלים 1999 (באנגלית: Who Murdered Yitzhak Rabin?, הוצאת Feral House, קליפורניה 1998)
ימיה האחרונים של מדינת ישראל, הוצאת מועדון הספר הציוני, ירושלים 2001 (באנגלית: The Final Days of Israel, הוצאת Dandelion, אריזונה 2000)
הצילו את ישראל! : יומן עיתונאי 2000-2003, הוצאת קונוס תדמית ותקשורת, חולון 2003
שבתאי צבי, ציונות השמאל והשואה, הוצאת בית מודיעין, 2005 (באנגלית: Shabtai Tzvi, Labor Zionism and the Holocaust, הוצאת Master Press, טנסי 2005)
מספריו שלא תורגמו לעברית:
The Devil Wore an Angel's Suit, הוצאת Split Level, ויניפג 1972.
Keep Stillman: A Pun, הוצאת Split Level, ויניפג 1973.
Mack, הוצאת Split Level, ויניפג 1974.
Alice in Newfoundland. הוצאת Split Level, ויניפג 1976.
The Fall of Israel, הוצאת Canongate, אדינבורו 1992.
Traitors and Carpetbaggers in the Promised Land, הוצאת Hearthstone, אוקלהומה סיטי, אוקלהומה 1997.
Return of the Giants, הוצאת Book World/Blue Star, סאן לייקס, אריזונה 2000.
Israel Betrayed, הוצאת Counting Coup, איינסוורת, נברסקה 2001.
Bye Bye Gaza, הוצאת Lulu, רליי, צפון קרוליינה 2006.
With the Kennedys, הוצאת Lulu, רליי, צפון קרוליינה 2006.
THE conPromised Land, הוצאת Lulu, רליי, צפון קרוליינה 2010.
The Stinger, Not the Stung: Israel's Not So Civil War, הוצאת Lulu, רליי, צפון קרוליינה 2012.
