באולימפיאדת ברצלונה (1992) נכלל לראשונה הבייסבול באופן רשמי בתוכנית האולימפית. 8 נבחרות השתתפו בטורניר, ובשלב זה הורשו להשתתף רק שחקנים חובבנים. כל הנבחרות שיחקו זו מול זו בבית מוקדם, ולאחר מכן ארבע הנבחרות הראשונות העפילו לחצי הגמר בשיטת הצלבה (הראשונה מול הרביעית והשנייה מול השלישית). המנצחות בחצאי הגמר העפילו למשחק הגמר, והמפסידות שיחקו על המקום השלישי. נבחרת קובה הייתה האלופה האולימפית הראשונה, לאחר שגברה במשחק הגמר על טאיוואן. היא זכתה בתואר האולימפי גם באולימפיאדת אטלנטה (1996), לאחר ניצחון על יפן, בעוד שהמארחת, ארצות הברית, הסתפקה במקום השלישי.
באולימפיאדת סידני (2000) הותרה לראשונה השתתפותם של שחקנים מקצוענים, אם כי אף שחקן מהמייג'ור ליג בייסבול לא השתתף במשחקים. לאחר שתי זכיות רצופות של קובה בתואר האולימפי, גברה עליה נבחרת ארצות הברית במשחק הגמר.
נבחרת ארצות הברית נעדרה מאולימפיאדת אתונה (2004) לאחר שהודחה במפתיע בידי נבחרת מקסיקו בשלב המוקדמות (מקסיקו עצמה אף היא לא השתתפה במשחקים, לאחר שהודחה בידי קנדה). קובה שבה וזכתה בתואר האולימפי, לאחר שגברה בגמר על נבחרת אוסטרליה.